祁连山国家公园试点区范围涵盖甘肃祁连山国家级自然保护区、甘肃盐池湾国家级自然保护区和青海祁连山省级自然保护区；甘肃天祝三峡国家森林公园、甘肃马蹄寺省级森林公园、甘肃冰沟河省级森林公园和青海仙米国家森林公园；青海祁连黑河源国家湿地公园。该国家公园旨在解决当地局部生态破坏问题十分突出，多个保护地、碎片化管理的问题。该国家公园所在的祁连山脉是中国境内主要山脉之一，位于青藏高原北缘、河西走廊南侧，又名南山，地跨甘肃和青海，西接阿尔金山山脉，东至兰州兴隆山，南与柴达木盆地和青海湖相连，山脉西北至东南走向，有山地草原和针叶树林交替分布。