海洋委员会海巡署（简称海巡署）是中华民国负责海域及海岸巡防之机关，隶属于海洋委员会的中央三级行政机关，负责巡防海岸、领海、邻接区及专属经济海域等，并执行查缉走私枪械、货物、毒品、非法入出境等治安事务。署内人员编制主要由警察、军人、海关人员或其他公务人员组成（政风单位除外）。自海巡署成立后，除随同业务移拨本署之海务技工，得依其原关务人员相关规定改任官称官阶外，不得另外再进用关务人员。