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DNA结合蛋白（DNA-binding protein）是指能透过DNA结合结构域（英语：DNA-binding domain）（DBD）与单链或双链DNA结合的一类蛋白质。一般来说，能与特异DNA序列结合的DNA结合蛋白主要经由与B-DNA（生物体内DNA一般都是B-DNA
of an Arabidopsis WRKY DNA Binding Domain. The Plant Cell. 17(3). 944-956, Duan, Nan, Liang, Mao, Lu, et al. (2007) DNA binding mechanism revealed by high
architectural DNA-binding proteins. Biochem Soc Trans. 2001, 29 (Pt 4): 395–401. PMID 11497996. Grosschedl R, Giese K, Pagel J. HMG domain proteins: architectural
DNA结合域（DNA binding domain; DBD） 同DNA的特殊序列（如基因附近存在的启动子和增强子序列）结合的区域。与转录调节直接相关，是最重要的领域（下面详述）。与转录因子相结合的DNA序列常常被视为激素的响应元件。 激活结构域（transactivation domain; TAD）
B3 DNA结合结构域（英語：B3 DNA binding domain）是一些转录因子中的高度保守的DNA结合结构域（DNA-binding domain，DBD）在超过40个物种（Pfam PF02362）中发现，与其它结构域一起（IPR003340）执行转录因子的功能。B3结构域的一级结构为