Cupressales

紅豆杉科有不同的分類方法。臺灣物種名錄將其分類為維管束植物門裸子植物亞門松綱（法语：Pinopsida）松亞綱（英语：Pinidae）柏目（法语：Cupressales）。 Manchester, S.R. Fruits and Seeds of the Middle Eocene Nut Beds Flora

比較自然的分類群。臺灣物種名錄將其分類為維管束植物門裸子植物亞門松綱（法语：Pinopsida）松亞綱（英语：Pinidae）柏目（法语：Cupressales）紅豆杉科穗花杉屬。 台灣穗花杉於地質史上為新生代第三紀變動後的孑遺物種，根據化石紀錄穗花杉科自白堊紀晚期以來，曾廣泛分佈於北美西部及歐洲

Cephalotaxales Takht. ex Reveal Coniferales （无效名） Cunninghamiales Doweld Cupressales Link Falcatifoliales Melikian & A.V.Bobrov Parasitaxales Melikian & A