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2020年1月20日，因應國際已有多起嚴重特殊傳染性肺炎案例，國家衛生指揮中心（法语：Centre de commandement national de la santé）（NHCC）不敢輕忽疫情，針對新疾病三級開設「嚴重特殊傳染性肺炎中央流行疫情指揮中心」，由疾管署署長周志浩擔任指揮官一職。
高屏區管制中心：高雄市、屏東縣、澎湖縣 東區管制中心：花蓮縣、臺東縣、綠島、蘭嶼 國家衛生指揮中心（法语：Centre de commandement national de la santé）（National Health Command Center, NHCC），結合國家衛生指揮中心中央流行疫情指揮中心（Central