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菲利普·弗朗茨·冯·西博尔德（德语：Philipp Franz von Siebold，1796年2月17日—1866年10月18日），德国内科医生、植物学家、旅行家、日本学家和日本器物收藏家。他是日本第一个女医楠本稻的父亲。
菲利普·弗朗茨·冯·西博尔德生于德国巴伐利亚的符兹堡城中一个医生家庭。他的祖父、父亲和他的叔叔都是维尔茨堡大学的医学教授。西博尔德于1815年在同一大学开始学习医学。
1822年西博尔德开始作为外科医生服务于荷属东印度军队，驻扎在巴达维亚。在服务期间，他治好了当时荷属东印度总督卡佩伦，因此获得注目。西博尔德已设法在很短的时间内学会了荷兰语和马来语，并非常专注于自己的工作。他似乎是派往日本的理想人选。在这个过渡时期，日本仍然是一个与世隔绝的未知力量。贸易只允许通过出岛——长崎海湾的一个小小的人造岛上的荷兰贸易站进行。
1823年西博尔德抵达出岛负责搜集日本列岛上的资讯、社会和政治结构，并调查扩大现有贸易的可能性。外国人都不准离开贸易站，但作为一个医生，他另有机会。西博尔德治愈了一个有影响力的地方官员，他获准在贸易站以外做点小事情，以及应日本患者要求上门服务。
他还立即联系了日本医生和科学家，其中有些人已经能读写荷兰文并被称为兰学家。日本官员曾鼓励一小群科学家学习荷兰文以看懂荷兰人带来的书籍和地图等礼物。西博尔德的房子迅速成了举办讲座、会议和进行讨论的集会点，而东道则被看作是西方科学的专家。在这些接触的基础上，荷兰语成为了通用语，使日本获得了接触西方科学和发明的通道。此亦即西博尔德于1824年在出岛外开设的教授兰学的鸣泷塾之功能。
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西博尔德作为一个普通医生也赢得了赞誉，并在贸易站附近广大地区上门治疗。他不被允许通过服务接受付款，但心怀感激的患者们赠给他物品和文物作为替代。这是他的民族志收藏的基础。继扬·科克·布洛霍夫（1779-1853）——1818年至1823年间的出岛主管，以及藏书家约翰·赫拉德·弗雷德里克·范奥弗梅尔·菲舍尔（1800-1848）之后，西博尔德收集了许多日常家庭用品、版画、工具和手工制品。
他集中收集植物、种子、动物以及各种日常工具。西博尔德聘请当地艺术家来将动物、物体和日常做法的图像摹写于纸上，并付钱给三个职业猎人以捕捉珍稀动物。在他访问病人时，他尽可能多地收集了天然材料，而且他的学生将所有可及的东西给了他。
1825年，两名助手从巴达维亚被分配给西博尔德，他们是药剂师海因里希·比格尔和熟练的画家卡尔·许贝特·德·维尔纳夫。在收集物品方面，比格尔是一个重要帮助，并且在1828年后——西博尔德已不再被允许从事活动时——成为西博尔德的继任者。
1828年，西博尔德要到幕府走一遭，此即按东京当时的要求从长崎到江户的所谓江户参府。在返回出岛后不久，西博尔德便准备离境去爪哇。在这许多个月的幕府旅程中，西博尔德不仅收集到许多植物、动物和文物，还拥有了日本的地图。当这些东西数量太多时，它们被送往了出岛。地图被日本当局发现了，西博尔德随后被控叛国罪并被指为俄罗斯间谍。拥有地图是被严格禁止的。经过一段时间的软禁——在此期间西博尔德的许多人际关系均被调查——之后，1829年他被驱逐出日本，并被命令不得再次进入该国。
在此之前，他已将收藏品保存在几个城市，遍布荷兰莱顿以及比利时根特、布鲁塞尔和安特卫普等城市的机构中。在与家人团聚后，西博尔德决定搬到莱顿住在Rapenburg19号紧邻运河的房子里。这房子与植物园共临一条运河，河对岸后来成了自然史博物馆。早在1831年西博尔德就将他的收藏向公众开放。在莱顿的几个地点展示其收藏后，他1837年在Rapenburg的家中开了一家博物馆。
西博尔德在出岛时发送的自然史的材料已经通过四个船次运到了莱顿。最后一次他也随船而行，此即1829年他本人被迫离开日本。海因里希·比格尔仍然在出岛并负责随后发送另外三个船次。这些船次，总数超过10,000项，是位于莱顿的自然博物馆以及国家植物标本馆藏品的核心。
利用Bürger和西博尔德运到荷兰的大量动物，动物学家康拉德·雅各·特明克（1778—1858），赫尔曼·施莱格尔，1804—1884）和威廉·德·哈恩，1801—1855）得以充分描述日本动物群。1833年到1850年间，当他们的研究结果发表在《Fauna Japonica》上时，它使到那时为止日本那不为人所知的动物世界成了非欧洲国家中被描述得最完善的动物群。国王威廉一世对西博尔德的收藏表示了浓厚的兴趣。经过多次商谈，他使皇家私藏（het Koninklijk kabinet van Zeldzaamheden）与西博尔德和其他两个在出岛的重要研究者的收藏汇集起来。西博尔德的收藏被荷兰政府购买，新博物馆成了现在位于莱顿的国立民族学博物馆的前身。
西博尔德仍然作为日本问题顾问在各个国家发挥著重要作用。1859年起，他作为外交官再次前往日本，直到1862年。
以西博尔德名字命名的动植物甚多，兹举例如下：
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