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台湾在清治时期便有随其他省份实施保甲制度，在日本统治后，台湾总督府参考、修改并沿用了保甲制度，在二战将结束时废除。战后国民政府大致将原本的保甲改制为现今的村里。
台湾在日本统治时期台湾总督府警察机构用来控制台湾社会的制度也称作保甲制度。起源于1899年5月8日拂晓，以陈秋菊为首的700名抗日人士，袭击台北城、大稻埕。民政长官后藤新平召商人辜显荣来商量镇压抗日与匪徒势力之策。辜显荣贡献的“治匪”策，就是设“保甲制度”让地方协力“治匪”。台湾总督儿玉源太郎发令创设“保甲总局”，命辜显荣为保甲总局第一任局长，同时以“防范土匪活动”为由颁布《保甲条例》。辜显荣花了2个月，募集17岁到47岁的男子组织“壮丁团”，并纠合各庄创立“联庄保甲局”，从此对镇压抗日“匪徒”发挥了相当的效果。
而由于保甲局发挥了空前的成效，日方废弃前任台湾总督乃木希典“由军队、宪兵、警察组成的三段警备制”，改采“保甲连坐”和“壮丁团”的“治匪”办法。由日本警察领导保甲和壮丁团，但在台的日本本土人及外国人并不在此列。
此组织，乃仿效清朝以来就有的保甲组织，令十户组一甲，十甲（百户）组一保，互相监视告密，并规定连坐处罚。而每一甲设一甲长，每一保设一保正，甲长由甲内各户选举推派，保正由保内各户选举推派，再由地方官认可后出任，任期两年、属无给职，负责地方的治安问题。
同时以强迫方式要村庄的青年、壮年男子加入“壮丁团”，加入条件有：年龄17至47岁、身体强健、“品性善良”等，并设有团长、副团长，亦为无给职，有效的控制和对付抗日活动。儿玉和后藤利用保甲制度和壮丁团维持治安，被认为是由当地的“土人”辜显荣，给予日本统治者启发的。
1905年，台湾总督府以府令第81号，实施保甲徽章制度，明订1906年2月1日起开始实施。推行制度理由为“使人一眼即可识别保正甲长，同时藉配戴徽章，促保正甲长审慎行动。”[1]。
但随著时间的推进，保甲及壮丁团的业务范围扩大，除负责维持治安外，还包括调查户口、监视村庄出入者、警戒自然灾害、搜查抗日分子与鸦片买卖、协助预防传染病与虫害、义务劳动、修桥铺路、征收赋税、禁止缠足等，皆为其工作。到此，已成为基层行政辅助单位，类似今日的邻、里长。 保甲业务之繁重，可见1933年10月26日下山元七编著之《保甲常识读本》，内容主要在论述保甲的意义与重要性，并逐一解说岛内事情，主要分为生活改善、卫生、警察、农业、金融等，最后还附有保甲规约与共婚法[2]。
1945年6月17日，总督府废除保甲制度[3]。
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