在植物学里，胚轴 又称 胚茎，是胚的一个部分，为连接胚芽与胚根的过渡部；胚轴要在种子发芽后，才伸长而变明显。胚轴以子叶作为分界，位于子叶著生点以上的部分称为上胚轴（英语：epicotyl），位于子叶著生点以下的部分称为下胚轴（英语：hypocotyl）。
植物胚在发芽的过程中，胚根向下生长至土壤之中。在胚根发育之后，在胚根之上的胚轴是初始支撑子叶的构造，后续会发育成茎的一小部分。（大部分的茎由胚芽发育而成）
在一些植物里，胚轴可作为储藏养分的器官，例如仙客来和大岩桐。
注：另有学者定义胚轴为胚芽、上胚轴、下胚轴、胚根的合称。
参见
- 上胚轴
- 下胚轴
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