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第二次世界大战末期,由于失去作为绝对国防圈要冲的塞班岛以及雷伊泰岛战役的败北, 大本营于1945年(昭和20年)1月20日以维持本土(北海道、本州、四国、除却冲绳的九州)安全为作战目标而制定的“帝国陆海军作战计画大纲”,对位于本土的军队编制进行根本上的调整。
第16方面军于同年2月6日,以九州地区为作战地域组建,最初归属防卫总司令部的指挥下,其后于4月8日划归新设立的第2总军指挥下,准备与同盟国军进行本土决战,但尚未交战日本陆军就已无条件投降。
值得注意的是,第16方面军司令官由西部军管区司令官兼任,军管区司令官直接隶属于天皇统率。此外,参谋长、参谋副长等也由西部军管区的相关人员等兼任。
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