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宣统二年(1910年)九月二日,内阁奉上谕:方擎著赏给医科进士[2][3]。
宣统三年(1911年),授职翰林院检讨[4]。
历充陆军医学堂暨北洋医学堂教习,前在哈尔滨随同总医官伍连德办理防疫,外务部奏派等赴美考求剖解霉菌等学[5]。
曾任《医药学报》主编、国立北京医专教授。
民国元年(1912年),军医局局长[6]
民国元年(1912年)4月26日[7],任北京政府陆军部军医司司长。
民国四年(1915年),以陆军军医监列名支持君主立宪[8]。
民国五年(1916年)在北京开办首善医院,任院长兼内科主任。
民国六年(1917年)10月4日,辞军医司司长[9]。
民国十三年(1924年)11月27日,任中央防疫处处长[10]。
民国十四年(1925年),派充卫生司帮办[11]。
民国二十二年(1933年)6月14日,派华北战区救济委员会委员[12]
1949年后,历任中华医学会第十六届理事兼总干事、第十七届副理事长、第十八届副会长,中国巴基斯坦友好协会副会长,中国科协组织部副部长,中央防疫委员会研究组组长,中国红十字会北京分会副会长,北京防痨委员会副主任委员。文革期间自杀。[13]
民国六年(1917年)10月9日,给予二等文虎章[14]。
民国七年(1918年)8月30日,给予三等宝光嘉禾章[15]。
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