2006年2月24日，成立“海洋科技研究中心筹备处”。10月26日，仪器科技研究中心与美国威斯康辛大学麦迪逊分校高分子工程中心（Polymer Engineering Center）签订《超精密加工光学模组制造技术合作协议》。11月12日至25日，科技政策研究与资讯中心与韩国科学技术计画评价院（Korea Institute of Science and Technology Evaluation and Planning, KISTEP）进行人员互访。
2007年1月29日，国家奈米元件实验室与国立成功大学签订《奈米能源及太阳能电池研究合作计画合约书》。1月30日，仪器科技研究中心与中央研究院物理研究所签订《学术合作研究计画同意书》。5月21日，国家高速网路与计算中心、国立清华大学脑科学研究中心、美国冷泉港实验室共同签署合作协议。7月中，国家奈米元件实验室与巴黎-萨克雷高等师范学校（École Normale Supérieure de Cachan）签署合作协议。8月9日，国家地震工程研究中心与台北翡翠水库管理局签订《大坝安全监测研究合作协议》。8月15日，仪器科技研究中心与国立虎尾科技大学签订《在地型产业加值学界科专计画合作意愿书》。8月30日，国家实验动物中心与美国乔治城大学医学院签订三年合作协议。9月3日，国家灾害防救科技中心与日本即时地震情报利用协议会（リアルタイム地震情報利用協議会）签订《台日双方交流合作备忘录》。9月28日，国家太空中心与车辆研究测试中心签订合作协议。11月28日，国研院与美国史丹福大学签订《医疗器材产品设计人才培训计画合作协议》。
2008年1月1日，仪器科技研究中心与印度韦洛尔理工大学（Vellore Institute of Technology）签订合作备忘录。7月29日，国家太空中心与国立台湾师范大学签订建教合作备忘录。9月5日，国家高速网路与计算中心与南非共和国高速电脑中心（Center for High-Performance Computing, CHPC）签订合作备忘录。9月10日，海洋科技研究中心筹备处改组为台湾海洋科技研究中心。10月27日，台湾检验科技公司（SGS Taiwan Ltd.）授予国研院《ISO 9001品质认证证书》与《ISO 27001资讯安全认证证书》。
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