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中华民国军务院，1916年护国战争中在广东肇庆设立的一个临时政府机构。
1915年12月25日云南宣布独立，反对袁世凯称帝的护国战争爆发，不久西南地区的贵州、广西、广东相继响应独立。1916年5月8日，由滇、黔、粤、桂四省共同在广东肇庆组建军务院，指挥全国军事。遥尊黎元洪为大总统兼陆海军大元帅。院设抚军，唐继尧、刘显世、陆荣廷、龙济光、岑春煊、梁启超、蔡锷、李烈钧、陈炳焜等人充任。以唐继尧为抚军长，岑春煊为抚军副长，因唐继尧不能离滇赴粤，由岑春煊摄行抚军长职权。梁启超为政务委员长。这是西南地方军阀与进步党和部分国民党三派政治力量联合组织的权力机构。6月6日袁世凯死后，黎元洪继任大总统。6月29日黎宣布遵守《中华民国临时约法》，恢复国会[1]，军务院遂于7月14日宣布撤销[2]。
以下列出军务院主要职官，任期为1916年5月8日至1917年7月14日。[3]
以下列出军务院直辖各军职官：[3]
滇军（护国第二军）
桂军（护国第三军[注 1]）
肇军（护国第四军）
谭军（护国第五军）
林军（护国第六军）
潮军
程旅（独立第一混成旅）
独立团
滇桂粤联合军总病院
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