k-mer
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在生物信息学中,k-mers是一组长度为的生物序列的子序列。k-mers最初被使用在计算生物组学和序列分析中,在这种情况下,k-mers由核苷酸构成(如A、T、G、C)。k-mers被用于组装DNA序列[1],改善异源基因表达[2][3],在宏基因组样本中识别物种[4],以及生产减毒疫苗[5]。通常情况下,术语k-mer指一个序列的所有长度为
的子序列。例如,序列AGAT有四个单体(A、G、A和T),3个2-mers (AG, GA, AT),2个3-mers (AGA and GAT)和一个4-mer (AGAT)。推而广之,一个长度为
的序列有
个k-mers和
个可能的k-mers的总和,其中
是可能的单体数(在DNA中,n=4)。
![Thumb image](http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/8/8a/K-mer_diagram.svg/320px-K-mer_diagram.svg.png)