1939年9月，纳粹德国开始对欧洲各国发动侵略，威廉·古斯特洛夫号被军队征用作医疗船至1940年11月。之后这艘船被用作运兵船，负责运载U-潜艇的见习乘员到东普鲁士但泽湾（Bay of Danzig，现波兰格但斯克湾（Bay of Gdańsk））畔的哥德哈芬港（Gotenhafen，现波兰格丁尼亚（Gdynia））接受训练。
1945年1月30日的早上，威廉·古斯特洛夫号离开格丁尼亚港，随行的船只有满载难民的汉萨号邮轮（英语：SS Albert Ballin）（Hansa）和两艘鱼雷艇。汉萨号和其中一艘鱼雷艇发生故障后不能继续航行，只剩下另外一艘鱼雷艇狮子号（Löwe）[3]负责护送威廉·古斯特洛夫号。船上有四位船长，其中三位是民航船长，一位是海军船长，他们在决定航线上意见出现分歧。曾当潜艇乘员的威廉·扎恩海军中尉（Lieutenant Commander Wilhelm Zahn）建议把船驶在近岸的浅水中并关掉所有灯火，以避免受苏军潜艇伏击；经验较丰富的总船长弗德里希·彼德逊（Friedrich Petersen）则持不同看法，决定把船驶出深水区。当他从无线电得知德国扫雷舰正迎面驶来时，彼德逊决定开启船上红绿两色的导航灯以避免相撞。但这个错误的决定使威廉·古斯特洛夫号的位置在夜间暴露出来。
由马连尼斯高（俄语：Маринеско, Александр Иванович）领导的苏军S级潜艇S-13（俄语：С-13）在德军忽略下冒险驶到但泽湾找寻建功的好机会，果然让他在格罗森多夫（德语：Großendorf、波兰语：Władysławowo，也就是今日的弗瓦迪斯瓦沃沃）及黎巴（德语：Leba、波兰语：Łeba，今名韦巴）之间离岸30公里的海面上发现了威廉·古斯特洛夫号和狮子号的行踪，在当地时间晚上九时（UTC+1），希特勒在电台上发表执政12周年的演讲完结不久后，马连尼斯高下令向他以为是军舰的威廉·古斯特洛夫号发射四枚鱼雷，四枚鱼雷分别以俄文写上：
艾云·卡比斯（Irwin Kappes）在《The Greatest Marine Disaster in History... and why you probably never heard of it》一书中提到威廉·古斯特洛夫号当时载著超过6,000名乘客。事发15分钟后，鱼雷艇狮子号赶到并尽量把生还者救起。本身载著1,500名难民的邮轮希柏上将号（Admiral Hipper），船长汉尼希斯特（Henigst）接获瞭望台报告受鱼雷袭击后，仍然选择继续冒险救起海面上的生还者。卡比斯并确实地指出海难中的死亡人数应为5,348，但他并没有在书中提出有关资料来源。[1]
艾云·卡比斯（Irwin J. Kappes） 参考资料 提出遇难人数为5,348。他并没有列出资料来源，但他推介下列两本书: A. V. Sellwood, The Damned Don't Drown: The Sinking of the Wilhelm Gustloff ; 及 Alfred-Maurice de Zayas, A Terrible Revenge: The Ethnic Cleansing of the East European Germans 1944-1950.
Fernschreiben FDU-Ausbildung G 93 vom 30. Januar 1945, „daß Wilhelm Gustloff um 15.15 Hela Wachschiff auslaufend mit 4749 Personen an Bord unter Geleit T-Boot Löwe passiert.“ in: Ktb der 10. Sicherungsdivision vom 30.1.45, abgedruckt in Brustat-Naval (1970), S. 44. Schön erwähnt, die Wilhelm Gustloff habe einen Funkspruch mit der PaB-Zahl, aufgeschlüsselt nach den Personengruppen (siehe unter „1984“) am 30. Januar 1945 gegen 13:30 Uhr abgegeben (Schön, 2002, S. 240). Im Vorwort von 1999, wo er nun erstmals von einer PaB-Zahl von 10.482 ausgeht, schreibt er:
„Offensichtlich hatte auch die Schiffsleitung keine Kenntnis von der tatsächlich an Bord befindlichen Anzahl der Passagiere. Dies beweist die Tatsache, daß nach dem Auslaufen Kapitän Friedrich Petersen in Absprache mit Korvettenkapitän Wilhelm Zahn, dem militärischen Transportleiter, einen Funkspruch absetzen ließ, in dem u. a. die Zahl der an Bord befindlichen Personen mit insgesamt 6600 angegeben wurde.“ (Schön, 2002, S. 10) Aus den „ca.“-Angaben in Schön (1952) ergibt sich, dass diese Zahlen für das Buch 1952 aus der Erinnerung rekonstruiert wurden. Der wirkliche Text des Funkspruchs wurde von Schön (bis heute, 2008) nie veröffentlicht und lag ihm wahrscheinlich nie vor. Die PaB-Zahl aus dem Ktb ist daher die bis heute einzig authentische von 1945.
Quelle: Tagebuch Korvettenkapitän Eschricht (Brustat-Naval (1970), S. 246,) Eschricht war Leiter der Seetra(nsportabteilung Ostsee) und „bearbeitet die Seetransporte bis ins kleinste und führt mit seinen Helfern genaue Tagebücher nach unterschiedlichen Aspekten: …“ Brustat-Naval (1970), S. 33.
„3700 U-Boot-Männer und nahezu 5000 Flüchtlinge“ an Bord, „Etwa 1000 der Passagiere wurden gerettet“, nach Finnish Radio, dieses nach „Berichten, die Stockholm erreichten“, Reuters Meldung „German Liner Reported Sunk In Baltic“ in The Times, 19. Februar 1945. Faksimile in Schön (2002), S. 407.
„Mindestens 10.000 Menschen an Bord, ... 950 gerettet“, Quelle: Korrespondent des Sydsvenska Dagbladet fran Gdynia, abgedruckt unter „9000 i djupet med "Gustlow"“ in Dagens Nyheters Klipparkiv vom 21. Februar 1945. Faksimile in Schön (2002), S. 407.
Wörtliche Wiedergabe aus Schön (1952) S. 136f: Nach den Unterlagen des Zahlmeisterbüros und des Wohnschiffoffiziersbüros, in denen die Aufstellung der Gustloff-Passagierlisten vorgenommen wurde, waren während der letzten Fahrt der „Gustloff“ an Bord:
Militärisches Personal: Marineangehörige der II. Abteilung der 2. Unterseeboots-Lehrdivision Gotenhafen ca. 1000 Pers.
Zivile Stammbesatzung ca. 165 Pers.
Wehrmachthelferinnen, einschließlich der zur 2. U-Boots-Lehrdivision gehörigen Marinehelferinnen ca. 375 Pers.
Schwerkriegsverletzte (Heer) ca. 160 Pers.
Flüchtlinge, Hauptteil aus dem Raum Gotenhafen-Danzig, Zoppot, Elbing, Memelgebiet ca. 4400 Pers.
Insgesamt also 6100 Menschen. Es mag sein, daß sich während der letzten Stunden der Einschiffung einige Flüchtlinge nicht in die Passagierlisten eintragen ließen. Ihre Zahl dürfte 200 jedoch kaum überschreiten, sodass mehr als 6300 Menschen in der Unglücksnacht kaum an Bord waren.
… insgesamt 904 ÜberlebendeAlles Obige wörtliche Wiedergabe aus: Schön (1952) S. 136 f.
„6100 Hitleristen an Bord, darunter 3700 Unteroffiziere und Matrosen-Spezialisten, die aus dem Übungszentrum der hitlerischen Flotte von Gotenhafen evakuiert werden.“ (V. I. Dmitriev: Atakujut podvodnikim, S. 249/53). Es handelt sich dabei um ein russisches Standardwerk von Vladimir Ivanovich Dmitriev zur Seekriegsgeschichte, speziell U-Boot-Operationen 1939–45. Erschienen erstmals 1964 in Moskau. Die englische Übersetzung ist bisher unveröffentlicht. Deutsche Übersetzung in Auszügen abgedruckt in: Brustat-Naval (1970), S. 44 f.
In seinem Buch von 2002 gibt Heinz Schön im Anhang S. 436f detaillierte Informationen. Wie er im Vorwort sagt, stammt dies von der Auflage von 1984 und war der Stand bis 1997. Offenbar bezieht er sich auf die Einschiffungsliste, die bei ihm im Archiv 4369 Namen nennt (2002, S. 437). Nach einer Rekonstruktion müssten es aber 6050 sein. (Schön, 2002, S. 236)
Schön war an Bord Hilfszahlmeister, die PaB-Zahl fiel in seinen Bereich. Im Rückblick schreibt Schön, er habe wenige Stunden vor der Versenkung an die Rettungsmittel gedacht: „Die letzten Zahlen der Einschiffungslisten habe ich gut im Gedächtnis. 6050 war die Endzahl, dann kam noch ein Verwundetentransporter, später noch die Flüchtlinge von der Reval. Insgesamt sind 6600, in keinem Fall weniger, höchstens einige mehr an Bord.“ (2002, S. 266) In seinem ersten Buch 1952 ist eine solche Erinnerung nicht erwähnt. Stattdessen sprach er von 6000 PaB und ist sicher, dass mehr als 6300 nicht an Bord waren (S. 137).
Die im Anhang 2002 angegebenen Zahlen sind offenbar aus der rekonstruierten Einschiffungsliste. Demnach befanden sich am Mittag des 30. Januar 1945 an Bord: 4974 Flüchtlinge, 918 U-Boot-Männer, 173 Besatzung, 162 Schwerverwundete (Heer), 373 Marinehelferinnen, zusammen 6600 Personen. Schön hierzu weiter:
„Die ermittelte Gesamtzahl von 6600 Passagieren, die sich in der Unglücksnacht an Bord befanden, ist keine absolute Zahl, erscheint jedoch sehr realistisch. Es mag sein, daß sich während der letzten Einschiffungsstunden, einige Flüchtlinge nicht in die Einschiffungsliste eintragen ließen, oder zahlenmäßig nicht erfaßt wurden, ihre Zahl dürfte jedoch 100 kaum überschritten haben.“
„Die oft veröffentlichte Angabe, mehr als 7000 Menschen, in einigen Veröffentlichungen nannte man sogar die Zahl von 8000 bis 10.000, hätten den Untergang des M/S Wilhelm Gustloff miterlebt, ist mit Sicherheit stark übertrieben und kann durch keinerlei Fakten bewiesen werden.“
„Die veröffentlichte Zahl von 904 Überlebenden, nach den von mir getätigten Ermittlungen bis zum 31.12.1950, stimmt ebenfalls nicht mehr; es wurden nachweislich über 1200 Schiffbrüchige gerettet.“ (Statistik der PaB nach Geschlecht)
„Die teilweise erhalten gebliebene Einschiffungsliste des M/S Wilhelm Gustloff, die sich im GUSTLOFF-ARCHIV HEINZ SCHÖN, 32107 Bad Salzuflen, Auf dem Sepp 19 (Teils im Original, teils in Fotokopie vorhanden) befindet, enthält im Teil I Buchstaben A–M 1704 Namen, im Teil II Buchstaben N–Z 2665 Namen, insgesamt 4369 Namen von Flüchtlingen.“
„Die Namen der Offiziere, Unteroffiziere und Mannschaften der 2. ULD, der Besatzungsmitglieder der Handelsmarine, der Marinehelferinnen und der an Bord genommenen Verwundeten sind in diesen Einschiffungslisten nicht enthalten.“ Schön meint also, diese Personen seien nicht namentlich verzeichnet, sondern nur zahlenmäßig aufgelistet worden (s. o.). Wie aus Schön (1952, S. 136f) zu entnehmen, sind die Dokumente mit diesen Zahlenangaben nicht erhalten, sondern wurden nach dem Krieg aus der Erinnerung rekonstruiert.
Einen Widerspruch mit der Listenzahl von „insgesamt 4369 Namen von Flüchtlingen“ (s. o.) gibt es im Vorwort: „… fast vollständig erhaltene Passagierliste der Gustloff, die die Namen der an Bord genommenen Flüchtlinge – insgesamt 4974 – enthielt.“ Diese Zahl sei ohne Militärangehörige und ohne die Besatzung. (Schön, 2002, S. 10). Warum es nun 605 Flüchtlinge mehr wurden, ist unklar.
Die Zahl der Toten (bis 1997) ist im ganzen Buch von 2002 nicht genannt. Aber auf S. 391 ist von 1252 Überlebenden die Rede. Zusammen mit der häufig genannten PaB-Zahl von 6600 ergibt dies eine Zahl der Toten von 5348.
In Schön (2002), S. 10 steht sein Vorwort zur 5. Auflage. Darin beschreibt Schön, wie er Anfang 1997, nach 50 Jahren Forschung, durch Zufall Kontakt mit dem letzten „Einschiffungsoffizier“, Dr. med. Waldemar Terres, bekam. Dieser konnte sich sicher erinnern, dass die Wilhelm Gustloff bis zum 29. Januar 1945 um 17 Uhr 7956 Flüchtlinge an Bord registriert hatte. Unterlagen dazu sind zwar nicht mehr vorhanden, er habe sie aber „bis viele Jahre nach Kriegsende aufbewahrt“. Er versicherte dies schriftlich und in einer Videoaufzeichnung.
Etwa zur gleichen Zeit erhielt Schön Kontakt mit Eva Rotschild-Dorn. Sie war an Bord der Wilhelm Gustloff beim Empfang eingesetzt, wo die Flüchtlinge das Schiff betraten. Sie berichtete, am Nachmittag des 29. Januar „waren unsere Kladden voll“ und weitere leere Registrierbücher nicht vorhanden. Von da an wurden die weiteren nicht mehr namentlich erfasst, sondern nur noch gezählt. „Ich schätze, daß noch über 2000 Personen an Bord gekommen sind.“
Die 2002, im 1999 verfassten Vorwort von Schön, abgedruckte Zahl von 10.482 PaB ist ein offensichtlicher Druck- oder Rechenfehler bei 1239 Überlebenden und mehrfach dort genannten 9343 Toten. In Schön 2008, S. 174, ist sie richtig mit 10.582 angegeben.
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