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中华民国的刑事诉讼程序，是贯彻国家刑罚权的法定程序。广义的刑事诉讼程序包括侦查、起诉、审判和执行等阶段，但一般人对刑事诉讼程序的认知仅及于审判阶段。规范刑事诉讼的主要法律是刑事诉讼法。台湾目前的刑事诉讼制度采公诉自诉二元系统，除检察官有起诉被告的权限外，自诉人亦得自行向法院对被告提起刑事诉讼。
侦查阶段的主要目的是查明犯罪事实和被告，并搜集、保全相关证据，以决定是否起诉被告。依台湾刑事诉讼法规定，在侦查程序中，检察官为唯一的侦查主体，检察事务官、司法警察（官）均为受检察官指挥监督之侦查辅助机关[1]。
犯罪发生后，侦查犯罪之程序即会因告诉、告发、自首或其他情事（包括媒体报导，实务上称为“剪报分案”）等原因开始运作[2]。在一般情形上上诉中，首先是由司法警察（侦查辅助机关）初步侦查犯罪，然后将案件移送至该管检察署（通常是各该地方法院检察署，但有部分案件依法其第一审管辖权属高等法院时，则移送至高等法院检察署），分案后由检察官进行侦查。但若是告诉人、告发人直接向检察署提出告诉、告发，或检察官知有犯罪嫌疑主动签分时，则会由检察署先行立案，再决定是否由检察官自行侦查或发交给司法警察侦查。
在侦查程序中，身为侦查主体的检察官，依法可采取特定侦查作为，包括传唤被告及证人、拘提、逮捕、声请羁押、搜索、扣押、勘验、鉴定、监听、诱捕等。确定犯罪嫌疑人前，检察官通常会采取传唤证人等方式调查，待确定犯罪嫌疑人后，则会拘提或逮捕之。但实务上也存在检察官故意以证人身分传唤犯罪嫌疑人，由于证人的保护较被告要宽松，借此获得证人的陈述后再告知改列被告之手段。而现行犯，依法人人得逮捕之，现行犯逮捕后逮捕人须将该犯罪嫌疑人尽速送至司法警察机关或检察官处[3]。原则上被告被拘提、逮捕后，检察官如有相关事由认为应羁押被告者，应于拘提、逮捕时起24小时内向法院声请羁押被告，否则即须释放之，或虽有羁押之理由但无必要时得命具保、责付或限制住居。若法院认为声押有理由，则会裁定羁押被告，在侦查中羁押期间不得超过两个月，但检察官可以声请延押，延长羁押以一次为限。换言之，侦查中羁押被告，以四个月为限。执行羁押之机关为看守所，与执行刑罚的监狱性质并不相同。羁押期间，被告也可以向法院声请撤销或停止羁押。
经检察官侦查，若证据足以证明被告之犯罪事实，检察官原则上依法应起诉被告，此即所谓的起诉法定主义[4]。但若符合法定情形，检察官亦得对被告为职权不起诉处分或缓起诉处分，即所谓的起诉便宜原则[5]。若侦查结果，认为被告之犯罪嫌疑不足，或起诉要件有所欠缺（如被告已死亡、时效已完成等）时，则应为不起诉处分[6]。
在检察官为不起诉处分或缓起诉处分的情形，若告诉人不服，可以载明理由经原检察官向直接上级法院检察署检察长声请再议以资救济[7]。若再议遭驳回，告诉人并可以委任律师后声请交付该管法院审判（交付审判）。若交付审判的声请经法院组成合议庭裁定驳回，全案即告确定；反之，若法院裁定准予交付审判，则视同提起公诉，案件进入法院，但被告可以针对此一准予交付审判的裁定提起抗告。
若检察官起诉被告或法院裁定准予交付审判，案件便进入法院，分案由法官承审，正式系属于法院。目前实务上分案方式，是先将案件分给个别法官，由该法官担任受命法官，负责案件的进行。若该案件依法可以独任审理，则会由该法官审理终结；若该案件依法须由合议庭审理，则进入审判程序后，原则上会由该法官所属庭别的庭长或审判长担任该案件的审判长，并由该庭的其他法官担任陪席法官，组成一个合议庭。合议庭的组织，在通常程序的第一审及第二审均为3人，第三审则为5人。审理终结后，由合议庭法官透过“评议”的程序来决定判决结果（包括有罪、无罪以及刑度），再由受命法官按照评议的结果撰写判决书，最后由合议庭全体法官在判决原本上签名后，于宣判日在法庭宣示判决，并将原本交由书记官制作正本送达当事人。
案件系属在法院后，就产生单一案件的问题。所谓的单一案件，也就是被告单一及犯罪事实单一。简单来说，“一个案件”是由“一个被告”以及“一个犯罪事实”所构成，而实务上将犯罪事实等同于实体法上的罪数（也就是说，实体法上的一罪就是诉讼法上的一个犯罪事实，目前实务多采日本的罪数理论），因此我们可以说“某被告所犯某罪”就是一个案件。实务上检察官常将共同正犯一并起诉成为共同被告，或者是将同一名被告所犯数罪一并起诉，此时因为同一程序中有数位被告，或者有数个犯罪事实，所以系属在法院的是数案件。单一案件的概念主要在于界定法院审判的事实范围，以及判决既判力的效力范围。如果检察官起诉了一部分的犯罪事实（显在性犯罪事实），而有他部分犯罪事实未被检察官起诉（可能是未发觉或未记载），且未起诉的事实和已起诉的事实具有前述实体法上一罪的关系时，因为法院审判的范围是犯罪事实的全部，此时可以扩张审理检察官未起诉的他部分犯罪事实，不受检察官起诉书所载犯罪事实的拘束，也不构成诉外裁判的违法。这就是学说上所谓的“公诉不可分原则”。
第一审为事实审，主要的任务是认定事实及适用法律，因此第一审的重点通常在于检、辩双方的举证和言词辩论。目前刑事诉讼第一审，除了适用简式审判程序、简易程序、窃盗罪及最重本刑3年以下有期徒刑、拘役或专科罚金之罪以外，均以合议庭审判。合议庭是相对于独任法官而言，由3位法官组成，其中包含了审判长、受命法官和陪席法官。而目前实务上，如果受命法官是分发未满2年的候补法官，则前述窃盗罪及最重本刑3年以下有期徒刑、拘役或专科罚金之罪，亦须由合议庭审理。
检察官起诉时，会将起诉书、侦查卷宗及证物一并送交法院，称为“卷证并送主义”。案件分案后，法院会于第一次审判期日前，书面审理检察官之起诉（例外情形仍可言词审理），如果认为检察官所指出证明方法显不足以认定被告有成立犯罪的可能时，会以裁定命检察官于一定期限内补正（此裁定属中间裁定，不得抗告），逾期未补正则以裁定驳回起诉（此裁定属终局裁定，得抗告），称为起诉审查。如检察官之起诉通过起诉审查，则案件进入实体审理。
准备程序通常是由受命法官独任进行（但由合议庭进行亦不违法），依法被告（或代理人）、检察官、辩护人、辅佐人须到庭，但经合法传唤或通知，无正当理由不到庭时，法院仍得对到庭之人行准备程序。且实务上认为准备程序是为了使审理程序顺利进行的程序，并不具有强制性，因此若承审法官认为没有进行准备程序的必要性而直接进入审理程序，同样不违法。
准备程序主要的任务在于决定该案件所适用的程序，以及进行审理程序的准备工作。如果被告在准备程序中认罪或自白，且符合其他法定要件时，法院可以裁定将该案件依简式审判程序或简易程序审理，达到诉讼经济的目的。若被告不承认犯罪，该案件就会依通常程序来审理，此时，受命法官就会开始著手进行审理程序的准备工作，例如：厘清检察官起诉的范围、厘清被告答辩的内容、确定检察官及被告对于证据能力的意见、整理被告争执及不争执的事实、确定检察官及被告声请调查什么证据、审理程序时调查证据的次序，以及其他相关的程序事项。准备程序期日的次数视案件复杂程度而定，若案情复杂，也有可能进行数次准备程序。当受命法官认为该案件的程序事项都无疑义，且检察官及被告声请调查的证据都已经完备，该案件就会正式进入审理程序。
审理期日，被告（或代理人）和检察官均须到庭（检察官称“莅庭执行职务”）；最迟在第一次审判期日七天前，被告会收到法院通知到庭的传票（若是被起诉之罪为刑法第61条裁判上得免除其刑之罪者则为五日），这段期间称为就审期间，为保障被告防御权之设计。尤其被告有到庭义务，原则上若被告不到庭则不得审判；被告在庭时有身体自由，但得命法警看管，且非经审判长许可不得退庭。
第一审以朗读案由开始（本案之被告以及所被追诉之罪名），接下来是审判长对被告行“人别讯问”、检察官陈述起诉要旨和审判长告知被告诉讼权利（所犯罪名、得保持缄默、得选任辩护人、得请求调查有利之证据）。
审判程序，首先行调查证据程序，例如诘问证人、提示书证及物证。证据调查程序是由检察官依法负举证责任，将证据提出于审判庭上，使法官形成心证的过程。由于被告不自证其罪，因此不需负担举证责任，但被告有权利针对检方（检察官）所提出之证据举出反证。在这个阶段，双方就证据的证明力互相攻防，尽力使法官形成对己方有利之心证。
证据调查程序完毕后，由检辩双方就案件所涉及的事实、法律上争点以及量刑事项（科刑辩论）进行辩论。辩论终结后，如果法院认有必要，可以裁定再开辩论。
辩论终结后，法院会同时宣示辩论终结以及何时判决。法院原则上会在2周内做出判决，但实际的宣判时间依案情繁杂程度及法院实际负荷而定。
判决结果则视调查证据的结果而定，如有罪判决和无罪判决。
当事人对于法院的判决有不服者，可以于收受判决后20日内之法定上诉期间内，以上诉状提出于原审法院，即为上诉补提理由状。
当事人提出上诉书状后，第一审法院会先对该上诉为合法性审查。若上诉不合法，因为此时案件仍未系属，没有诉讼关系发生，故以裁定驳回上诉；若上诉合法，第一审法院则会将案件送交第二审法院，此一“送交”会发生案件系属于第二审法院之效果。第二审法院受理案件后，会再为一次合法性审查。若上诉不合法，因为此时诉讼关系已经发生，法院须以判决驳回上诉；若上诉合法，则案件进入实体审理。
- 二审定谳项目
依据《刑事诉讼法》有部分罪刑属二审定谳制，需具有经第一审、第二审均判决3年以下有期徒刑、拘役或专科罚金之罪者，不得上诉于第三审法院；如果是一审无罪、二审改判有罪者，得提出上诉三审；又原符合不得上诉于第三审法院之案件，如就足生影响于判决之重要证据漏未审酌者，亦得声请再审。而《选举罢免法》中的当选无效属民事（二审）案件，与此处的刑法二审定谳项目不同。
- 刑法第376条第一项条文：窃盗罪、侵占罪、诈欺罪、背信罪、恐吓罪、赃物罪
- 刑法第277条第一项：伤害罪
- 毒品危害防制条例：施用第一级毒品罪、持有第二级毒品纯质净重20公克以上罪
自诉是指犯罪被害人（或法定代理人、直系血亲、配偶）不透过检察官，自己向法院对被告提出刑事诉讼的程序。提起自诉的人称为自诉人。
自诉与公诉程序最大的差别在于，侦查阶段检察官可以透过特定的强制处分取得犯罪证据，而自诉的原告由于本身并未被赋予此一权力，因此在犯罪的侦查上只能以任意的方式取得证据。除此之外，在审判阶段与公诉程序无异。也由于自诉不若公诉般经过缜密的犯罪搜证以及其他理由，刑事诉讼法特别对自诉的提起增加下列限制：
- 强制代理：自诉人非委任律师不得提起自诉。
- 对直系尊血亲、直系尊姻亲和配偶不得提起自诉。
- 告诉或请求乃论之罪，已不得为告诉或请求者，不得再行自诉。
- 同一案件经检察官依刑事诉讼法第228条规定开始侦查者，不得再行自诉。
相较与普通程序而言，依案件类型的不同和需要，刑事诉讼上还有其他的特别程序：
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