花莲县政府是中华民国花莲县最高层级的地方行政机关，在中华民国政府架构中，为县自治的行政机关，同时负责执行中央机关委办事项。花莲县的自治监督机关本为台湾省政府，台湾省虚级化后业务与功能大幅缩减，花莲县的自治监督机关改为行政院内政部。花莲县政府也是辖下各乡、镇、市的地方自治监督机关。