Rc-o319病毒

Rc-o319病毒是严重急性呼吸道综合征相关冠状病毒（SARSr-CoV）的一个病毒株，在日本的角菊头蝠中发现，于2020年11月发表，属于SARS-CoV-2的演化支，全基因组核酸序列与SARS-CoV-2的相似度为81%，是该演化支中与SARS-CoV-2关系最远的病毒株^[1][2]。此病毒是与SARS-CoV-2相关的完整病毒株序列中，首个在中国以外发现者^[2]，也是首个在中国以外的亚洲国家发现的完整SARSr-CoV病毒株序列^[3]。

Rc-o319病毒
病毒分类
（未分级）：	病毒 Virus
域：	核糖病毒域 Riboviria
界：	正核糖病毒界 Orthornavirae
门：	小核糖病毒门 Pisuviricota
纲：	小南嵌套病毒纲 Pisoniviricetes
目：	套式病毒目 Nidovirales
科：	冠状病毒科 Coronaviridae
属：	乙型冠状病毒属 Betacoronavirus
亚属：	SARS乙型冠状病毒亚属 Sarbecovirus
种：	严重急性呼吸道综合征相关冠状病毒 SARSr-CoV
毒株：	Rc-o319病毒 Rc-o319

发现

2013年，研究人员在日本岩手县的一洞穴中捕获四只角菊头蝠，初步分析其粪便样本，发现其中含有乙型冠状病毒属病毒的RNA复制酶序列。2020年，研究人员完整定序了样本中冠状病毒的基因组，即为Rc-o319病毒^[1]。

病毒学

Rc-o319病毒在SARSr-CoV中属于SARS-CoV-2的演化支，全基因组核酸序列与SARS-CoV-2的相似度约为81%，以全基因组序列、复制酶序列、刺突蛋白序列绘制的系统发生树均显示Rc-o319病毒位于该演化支的基部，是最早分支的病毒株^[1][2]。

Rc-o319病毒的刺突蛋白中与宿主受体结合的受体结合结构域（receptor binding domain, RBD）有一段长9个氨基酸的缺失，为此病毒所特有，且SARS-CoV-2的RBD中与人类细胞受体血管紧张素转化酶2（ACE2）结合所需的数个重要位点，Rc-o319大都与SARS-CoV-2对应不同氨基酸，显示前者可能难以与人类的ACE2结合而造成感染。假性病毒（英语：pseudotyping）实验（pseudotyping）结果显示Rc-o319病毒只能与角菊头蝠的ACE2结合造成感染，无法结合人类、马铁菊头蝠与中华菊头蝠的ACE2，可能尚无法跨越物种障碍而感染其他物种^[1]。

另外，有别于SARS-CoV与SARS-CoV-2除ACE2外，尚需跨膜丝氨酸蛋白酶2（TMPRSS2）切割病毒的刺突蛋白才能造成感染，Rc-o319病毒的感染则仅需ACE2，不需TMPRSS2^[1]。

演化树

SARS-CoV-2与相关病毒株的系统发生树^[4][5] :

	Rc-o319 与SARS-CoV-2相似度81 % · 角菊头蝠 · 日本岩手县 （2013年采集、2020年发表）[1]         SL-ZXC21 88 % · 小菊头蝠 · 中华人民共和国浙江舟山（2015年采集、2018年发表）[6]     SL-ZC45 88 % · 小菊头蝠 · 中华人民共和国浙江舟山（2017年采集、2018年发表）[6]         Pangolin-CoV-GX 85.5 % · 马来穿山甲 · 东南亚 （2017年采集、2020年发表）[7]       Pangolin-CoV-GD 90.1 % · 马来穿山甲 · 东南亚 （2019年采集、2020年发表）[8]         RshSTT182 92.6 % · 扁颅菊头蝠（英语：Rhinolophus shameli） · 柬埔寨上丁省 （2010年采集、2021年发表）[5]     RshSTT200 92.6 % · 扁颅菊头蝠 · 柬埔寨上丁省 （2010年采集、2021年发表）[5]         RacCS203（英语：RacCS203） 91.5 % · 大角菊头蝠（英语：Rhinolophus acuminatus） · 泰国差春骚府 （2020年采集、2021年发表）[4]     RmYN02 93.3 % · 马来亚菊头蝠 · 中华人民共和国云南勐腊 （2019年采集、2020年发表）[9]         RaTG13 96.2 % · 中菊头蝠 · 中华人民共和国云南墨江 （2013年采集、2020年发表）[10]     BANAL-52 96.8 % · 马来亚菊头蝠 · 老挝永珍省 （2020年采集、2022年发表）[11]     SARS-CoV-2 100 %
	SARS-CoV 79%

  蝙蝠病毒

  穿山甲病毒

  人类病毒

参考文献

• 病毒主题

1. Murakami, Shin; Kitamura, Tomoya; Suzuki, Jin; Sato, Ryouta; Aoi, Toshiki; Fujii, Marina; Matsugo, Hiromichi; Kamiki, Haruhiko; Ishida, Hiroho; Takenaka-Uema, Akiko; Shimojima, Masayuki; Horimoto, Taisuke. Detection and Characterization of Bat Sarbecovirus Phylogenetically Related to SARS-CoV-2, Japan. Emerging Infectious Diseases. 2020, 26 (12): 3025–3029. ISSN 1080-6040. doi:10.3201/eid2612.203386.
2. Mallapaty, Smriti. Coronaviruses closely related to the pandemic virus discovered in Japan and Cambodia. Nature. 2020, 588 (7836): 15–16. ISSN 0028-0836. doi:10.1038/d41586-020-03217-0.
3. Zhengli Shi. Bi-weekly Commentary Letter. American Society of Microbiology. 2020-12-18 [2021-01-18]. （原始内容存档于2022-05-08）.
4. Wacharapluesadee S, Tan CW, Maneeorn P, Duengkae P, Zhu F, Joyjinda Y, et al. Evidence for SARS-CoV-2 related coronaviruses circulating in bats and pangolins in Southeast Asia. Nature Communications. February 2021, 12 (1): 972. PMC 7873279 . PMID 33563978. doi:10.1038/s41467-021-21240-1 .
5. Hul V, Delaune D, Karlsson EA, Hassanin A, Tey PO, Baidaliuk A, et al. A novel SARS-CoV-2 related coronavirus in bats from Cambodia. bioRxiv: 2021.01.26.428212. 26 January 2021. doi:10.1101/2021.01.26.428212 （英语）.
6. Hu, Dan; Zhu, Changqiang; Ai, Lele; He, Ting; Wang, Yi; Ye, Fuqiang; Yang, Lu; Ding, Chenxi; Zhu, Xuhui; Lv, Ruicheng; Zhu, Jin; Hassan, Bachar; Feng, Youjun; Tan, Weilong; Wang, Changjun. Genomic characterization and infectivity of a novel SARS-like coronavirus in Chinese bats. Emerging Microbes & Infections. 2018, 7 (1): 1–10. ISSN 2222-1751. doi:10.1038/s41426-018-0155-5.
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