在1830年,德国北部比克堡(Bückeburg)发现一个爬行动物的胸腔化石。在1841年,由德国古生物学家克莉斯汀·艾瑞克·赫尔曼·汪迈尔(Christian Erich Hermann von Meyer)进行命名,模式种是绍姆堡大头鳄(P. schaumburgensis)[3]。该挖掘地点属于威尔德群(Wealden Group)的奥伯恩基兴砂岩(Obernkirchen Sandstone)地层,地质年代相当于白垩纪早期的贝里亚阶[2][4]。这个化石被列为正模标本(编号IMGPGö 741-1),标本长度约为25公分[5]。
之后,大头鳄曾多次被归类于其他长口鼻部鳄形类,例如:森林鳄科、海鳄亚目。在1999年,C. A. Brochu等研究人员将大头鳄、索科托鳄、森林鳄科、海鳄亚目统合成一个演化支,是现代鳄目的姊妹分类单元。他们主要根据长口鼻部等类似特征,而将上述物种统合成一个演化支[15]。但在传统分类法中,海鳄亚目被认为是鳄形超目中真鳄类的一个原始演化支,演化位置比森林鳄科、大头鳄还原始;森林鳄科、大头鳄都属于新鳄类演化支,是比较进阶型的物种[16]。此外,上述物种的长口鼻部,应该是个别平行演化的结果。近年研究发现,海鳄亚目的演化位置应该更为原始[17]。
另一个2001年的研究,提出大头鳄是海鳄亚目的近亲,而特里鳄与森林鳄科构成一个演化支,与大头鳄、海鳄亚目互为近亲[18]。在保罗·塞里诺的鳄形超目种系发生学研究里,大头鳄是其他长口鼻部鳄形类的远亲,特里鳄则是帝鳄的姊妹分类单元,两者是森林鳄的近亲[13]。之后,C. A. Brochu修改他的种系发生学研究,认为大头鳄、海鳄亚目构成一个演化支,而索科托鳄、森林鳄科也构成一个演化支,两个演化支互为姊妹分类单元[19]。
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