Gymnomycota

Hymenomycetes 腹菌 Gasteromycetes 半知菌纲 Deuteromycetes 真菌界 Myceteae 裸菌门 Gymnomycota 集胞裸菌亚门 Acrasiogymnomycotina 集胞菌纲 Acrasiomycets 原质体裸菌亚门 Plasmodiogymnomycotina

壺菌共同組成真菌界下的鞭毛菌亞門（英语：Mastigomycotina），更早以前還有藻菌（英语：Phycomycetes）、裸菌（英语：Gymnomycota）等分類單元。這些生物現在都已經證實不屬於真菌，真菌的細胞壁是由幾丁質組成，不含有纖維素，卵菌的細胞壁則是纖維素組成的，絲壺菌的細胞壁兼有