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乙醇的副作用包括对皮肤的刺激[2]。若在电灼的场合，要谨慎使用，因为乙醇有可燃性[1]。醇类的分类有乙醇、变性乙醇、1-丙醇及2-丙醇[3][4]。乙醇对许多种类的微生物都有效，不过无法使其孢子不活化[4]，一般浓度在60%至90%之间效果最好[4]。
乙醇是世界卫生组织基本药物标准清单中的药物之一，是医疗系统中最安全及有效的药物之一[5]。在发展中国家的售价是一升的70%变性乙醇约美金1.80至9.50元[6]。在英国，一升99%的变性乙醇，需要让国民保健署支出3.90英磅[1]。市面上也有一些商用的产品以及其配方，例如消毒搓手液，或是加入其他物质的产品，例如氯己定[4][7]。
自从古典时代起，在现代的麻醉药尚未问世之前，乙醇就已作为全身麻醉药[8]。早在1363年就已开始用乙醇作为消毒剂，一直到十九世纪末才找到支持此用法的证据[9]。
“《说文》云：‘医之性然得酒而使’，‘酒所以治病也’。据《汉书·食货志》载：‘酒，百药之长’。早在《神农本草经》中就已明确记载用酒制药以治病。酒最早用做麻醉剂，华佗用的‘麻沸散’，即用酒冲服。在现代外科医学中，酒也占有重要地位，如碘酒等。”[10]
在医疗中，常会在静脉穿刺前及手术前，用乙醇擦在皮肤，以进行皮肤消毒[2]，乙醇会擦在要治疗患者的皮肤上，也会用在医疗人员的手上作为消毒用[2]。乙醇也可以用来清洁其他部分[2]，也用在漱口水中[15]。在治疗甲醇中毒或乙二醇中毒时，若无法取得甲吡唑，也可以口服或是静脉注射乙醇来治疗[1]。
此外，酒精作为一种毒性很低的有机溶剂，可用于溶出药材的活性成分，常用于作为药品辅料[16]。
除了上述用途外，还没有广为医学界认可的乙醇医疗用途[17]。这个原因有一部分是因为乙醇的治疗指数只有10:1（可能会造成危险的剂量是治疗用剂量的十倍）[18]。
乙醇可以用在其他醇类针对醇脱氢酶的竞争性抑制剂，会减慢醇类代谢为有毒醛或羧酸衍生物的速度，也减少二醇在肾脏中的结晶[19]。
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