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医学微生物学（clinical microbiology）是一个医学分支，主要关注传染病的预防、诊断和治疗。此外，科学这一领域的研究微生物对健康的改善各种临床应用。有四种微生物是会导致传染病，包括细菌、真菌、寄生虫和病毒。
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医疗微生物学家专门研究病原体的特点，例如其传播方式、感染和生长机制。医学微生物学家经常作为顾问医生，提供识别病原体，并提出治疗方案。
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