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药学系是隶属于医学院或是独立成为药（理）学院下的一个科系，以培养药学领域专门人才和研究药学科学理论为目标。
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远自史前时代，人们即懂得从经验中学习如何用草药来治病。根据传说，中国的药学（本草）起源于神农氏，他将采集到的数百种草药亲自试用在自己身上。后人托神农氏之名撰写神农本草经，为中国现存最早的一部药书。
西方药学则是集合古埃及、巴比伦、希腊、罗马、阿拉伯世界，与美洲、欧洲各国的用药知识以及经验所产生的结晶。
1908年，国防医学院开始招收药科学生，是为中华民国最早的药学教育。1953年，国立台湾大学创立台湾的第一所药学系，之后多所医学大学跟进，逐渐发展成今日的光景。
美国
荷兰
法国：
6年学制（Doctor of Pharmacy）
英国：
4+1学制（毕业后须实习一年才可以参加国家考试）
虽然药学以化学结构为主，但因为对象为人，故除了其专业之知识以外，还需要修习其他的相关基础医学课程，例如解剖学与生理学、免疫学、微生物学、病理学、毒理学等等。
而其专业科目则包括药物化学、药理学、生药学[1]、药剂学、调剂学、药物分析、药物治疗学、生物药剂学、药物动力学、临床药学、实证药学、药事行政法规等等。
另外中华民国卫生福利部为了让中药管理渐渐由受过正规教育的人才来取代传统师徒制中药房学徒，药学系学生可以在现代药学基础上，选修以下课程：
等共16个中药学分，由各校发给证书。药师专技高考及格领取证书，故可凭着前述之中药学分，除从事西药方面，目前可以兼营中药制造、供应及调剂业务。
台湾早年因为专业人才缺少的关系，曾经成立仁德高级药剂职业学校（现仁德医护管理专科学校）和树人高级药剂职业学校（现树人医护管理专科学校），并设置药学科，其毕业后可考取药剂生。2001年，药学会设置药学教育委员会，为了提升国内药师素质和高等教育等问题，便决定裁撤专科的药学科。最后一届的五专部药学科学生已在2004年走入历史。
1999年台北医学大学药学院成立生(中)药技术学系；2002年中国医药大学中医学院成立中国药学暨中药资源学系；2006年大叶大学成立药用植物与保健学系中药组；2016年嘉南药理大学成立药用植物与保健学系等中药专业学系。另外，亚洲大学设立中医药养生产业经营管理学程。
先前由于药师全联会反对，北医与嘉药，目前已停止招生。但卫生福利部未来希望新增中药师专技高考及中药管理技术士普考，台湾中药相关学系在修毕中药核心学分，实习毕业后，经由教、考、用、训做分流，为中药行业注入新血，促进台湾中医药的发展。
香港的药剂学系起步比两岸较晚，香港中文大学在1992年才开设首届药剂学课程，而香港大学在2009年开办。香港的药剂学系，都采用问题导向学习（Problem-base learning）模式，鼓励药剂学生围绕日常药剂学问题多思考、多研究。
澳门最早于2001年于澳门理工学院高等卫生学校（现澳门理工大学健康科学及体育学院）开设在职诊疗技术人员课程高等专科学位，其中包含药剂学专业方向[2]，并于2006年开办诊疗技术学士学位补充课程[3]，提供3+1学制学士课程。同年，澳门大学开办生物医药博士学位课程[4]。澳门理工学院于2010年开设理学士学位课程（药学专业）[5]，为澳门首个西药学四年制学士学位课程。2012年，澳门大学开设理学硕士学位 （医药管理）课程[6]。
2003年，澳门大学开设中药学专业及医药管理专业理学硕士学位课程，澳门科技大学开设中药学硕士和博士学位课程。2012年，澳门科技大学开设中药学学士学位课程，为澳门现时唯一中药学士课程。
药学高等教育单位
目前中国大陆的药学院系主要分为以西药研究为主的药学专业和以中药研究为主的中药专业。
药学专业的主要课程有药物化学、药理学、药剂学、药物分析、生药学、药学信息、生物药剂学、药物动力学、药事管理学、医药数理统计。 近年来，随着药学事业的发展和世界范围内医药分家的趋势，大多数药学院系加大了临床药学的教育投入，不少院校还增设了生物药学等前沿领域的学科。
药师法
第一条：
中华民国人民需经过国家考试合格取得证书，才算合法的药师。
第二条：
具有下列资格之一，得应药师考试：
一、公立或立案之私立大学、独立学院或符合教育部采认规定之国外大学、独立学院药学系毕业，并经实习期满成绩及格，领有毕业证书者。
二、本法中华民国一百零一年六月五日修正施行前，于专科学校药学科毕业，并经实习期满成绩及格，领有毕业证书者。
专门职业及技术人员高等考试科目
药师自中华民国九十七年四月一日起应试科目为：
一、药理学与药物化学，
二、药物分析与生药学（包括中药学），
三、调剂学与临床药学，
四、药剂学（包括生物药剂学），
五、药物治疗学，
六、药事行政与法规。
六科平均60分以上，即为合格。
目前的药学生"毕业"后只能参加专技高考以取得证书，加入公会，向地方主管机关申请领取执照。
药师业务如下：
一、药品贩卖或管理。
二、药品调剂。
三、药品鉴定。
四、药品制造之监制。
五、药品储备、供应及分装之监督。
六、含药化妆品制造之监制。
七、依法律应由药师执行之业务。
八、药事照护相关业务。
中药制剂之制造、供应及调剂，除依药事法有关规定办理外，亦得经由修习中药课程达适当标准之药师为之；其标准由中央主管机关会同中央教育主管机关定之。
药师得贩卖或管理一定等级之医疗器材。
前项所称一定等级之医疗器材之范围及种类，由中央主管机关（卫生福利部食品药物管理署）定之。
自1999年开始实施执业药师资格制度，以加强对药学技术人员的执业准入控制，不过至今尚未有正式的执业药师法。
目前的执业药师资格制度暂行规定中第九条规定：
凡中华人民共和国公民和获准在我国境内就业的其他国籍的人员具备以下条件之一者，均可申请参加执业药师资格考试：
(一)取得药学、中药学或相关专业中专学历，从事药学或中药学专业工作满七年。
(二)取得药学、中药学或相关专业大专学历，从事药学或中药学专业工作满五年。
(三)取得药学、中药学或相关专业大学本科学历，从事药学或中药学专业工作满三年。
(四)取得药学、中药学或相关专业第二学士学位、研究生班毕业或取得硕士学位，从事药学或中药学专业工作满一年。
(五)取得药学、中药学或相关专业博士学位。
执业药师执业范围：
负责对药品质量的监督和管理，参与制定、实施药品全面质量管理及对本单位违反规定的处理。
负责处方的审核及监督调配，提供用药咨询与信息，指导合理用药，开展治疗药物的监测及药品疗效的评价等临床药学工作。
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