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蔡翘是广东省揭阳县仙美村人。1917年毕业于潮州金山书院（现名汕头市金山中学）后，赴上海复旦大学附属中学补习英语。1918年到北京大学中文系当旁听生。
1919年赴美国留学，先后在加利福尼亚大学和印第安纳大学研读心理学，修完大学本科课程后于1921年进哥伦比亚大学当研究生，1922年转学至芝加哥大学生理学系为研究生[2]，1925年获得芝加哥大学哲学博士学位[3]；同年回国到复旦大学教授生物学和生理学[4]。
1927年起担任国立中央大学医学院（复旦大学上海医学院前身）生理学教授。1930年秋获美国洛氏基金会资助，先后英国伦敦大学、剑桥大学从事研究，1931年冬到德国法兰克福大学进修。1932年起任职于上海雷士德医学研究所，1937年回到中大医学院担任生理学教授，抗日战争爆发随学校迁到成都。
1943年夏以中美文化交流交换教授身份赴美国讲学与研究1年。1945年抗日战争胜利后，随院自成都迁回南京，1948年代理中大医学院院长职务，并当选为中央研究院第一届院士。。
1949年中华人民共和国成立后，中央大学改名南京大学，他仍任南京大学医学院院长。1952年该校医学院改编为“第五军医大学”，由他担任校长。1954年调任中国人民解放军军事医学科学院副院长，任一级研究员、院学术委员会主任、中国人民解放军医学科学技术委员会主任委员[5]。1961年加入中国共产党。文化大革命期间受到迫害。1978年恢复工作。1990年7月29日，蔡翘病逝于北京[2][6]。
1925年，于芝加哥大学赫尔解剖实验室（Hull Laboratory of Anatomy）工作期间，在负鼠的脑中首次发现了腹侧被盖区[7]，因此本解剖构造又称为“蔡氏被盖区”（ ventral tegmental area of Tsai）[8]。
另外，他也开创了中国的军事劳动生理学、航太航空医学和航海医学等研究领域，是中国航空航海生理科学的奠基人。
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