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海洋委员会海洋保育署（简称海洋保育署、海保署）是中华民国海洋委员会所属机关，负责海洋生态保育、海洋污染防治与海洋资源管理等。
| 海洋委员会海洋保育署 Ocean Conservation Administration, OAC （英语） | |
|---|---|
 中华民国政府机构 | |
 海洋保育署署徽 | |
| 基本信息 | |
| 机关类型 | 中央三级行政机关 |
| 所属部门 | 海洋委员会 |
| 员额 | 编制员额103人（预算员额85人） |
| 授权法源 | 海洋委员会组织法、海洋委员会海洋保育署组织法 |
| 主要官员 | |
| 署长 | 陆晓筠 |
| 副署长 | 吴龙静、 |
| 主任秘书 | 林天赏 |
| 任命者 | 海洋委员会主任委员 |
| 成立沿革 | |
| 成立日期 | 2018年4月28日 |
| 联络信息 | |
| 地址 | 806-61高雄市前镇区成功二路25号7楼 |
| 网站 | www |
原行政院版《海洋委员会组织法草案》中并无海洋保育署的设置，但民间团体和朝野立法委员主张应增设海洋保育署与国家海洋研究院[1][2]。
2013年，立法委员邱文彦与田秋堇等提出之《海洋委员会组织法草案》版本增设海洋保育署[3] 与国家海洋研究院，最后与行政院版并案完成初审[4]。2015年5月，立法院朝野党团协商，确认将在海洋委员会里增设“海洋委员会海洋保育署”。2015年6月16日，立法院完成《海洋委员会组织法》三读。[5][6]
2015年7月1日，总统令，制定公布《海洋委员会海洋保育署组织法》。[7]
海洋委员会成立后，立刻组成国家海洋研究院及“海洋委员会海洋保育署筹备处”，并于12个月内完成协商、整合与移拨事宜后正式成立[8]。
2018年4月28日，海洋保育署伴随着海洋委员会而成立。
| 任别 | 姓名 | 任职期间 | 备注 |
|---|---|---|---|
| 1 | 黄向文 | 2018年4月28日—2024年5月19日 | 国立台湾大学海洋研究所博士 |
| 2 | 陆晓筠 | 2024年5月20日— | 哈佛大学景观设计博士 |
- 署长1人（简任第十三职等）
- 副署长2人（简任第十二职等）
- 主任秘书1人（简任第十一职等）
- 综合规划组：分三科办事。
- 海洋生物保育组：分三科办事。
- 海洋环境管理组：分三科办事。
- 秘书室
- 人事室
- 政风室
- 主计室
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