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杏仁核（英语：Amygdala，希腊语：ἀμγδαλή）又名杏仁体，位于侧脑室下角前端的上方，海马体旁回沟的外侧，顶部与尾状核的末端相连。
杏仁核是边缘系统的皮质下中枢，有调节内脏活动和产生情绪的功能。引发应急反应，让动物能够挺身而战或是逃离危险。
杏仁核可以产生情绪激励，从而增强记忆。会让人注意到该次经验中最重要的细节。如：被抢的人通常会记得到犯人持用的刀械，而杏仁核受伤的人就不能记得这些细节。
杏仁核判断所看见的物体在情绪上的重要性：猎物、天敌、还是配偶、无关紧要。如果杏仁核变得兴奋，那么说明眼前的东西很重要，神经信号就会向下发送到自主神经系统，心跳开始加速，手掌开始出汗（导致皮肤电阻改变），肌肉开始收缩。如果杏仁核判断看到的是无关紧要的东西，身体就没有上述反应。
压力靠着“释放肾上腺素”和“释放糖皮质素”来强化学习。这两种激素都会作用在杏仁核和海马体的受体上，以增强突触可塑性；但长期的慢性压力反而会大大损害学习能力。
一般杏仁核分为两部，即基底外侧核群和皮质内侧群。
在一项研究中，刺激右侧杏仁核会引起负面情绪，尤其是恐惧和悲伤。刺激左杏仁核会引起愉快的（幸福）或不愉快的（恐惧，焦虑，伤感）情绪[1]。其他证据表明，左杏仁核在大脑的激励系统中起作用[2]。
右侧杏仁核在表达恐惧和处理引起恐惧的刺激中发挥作用。当一个人受到条件性厌恶刺激时，会在右侧杏仁核内对其进行处理，从而产生令人不快或恐惧的反应。
就性别差异而言，杏仁核是最容易理解的大脑区域之一。在成年大鼠中，雄性的杏仁核大于雌性杏仁核。
杏仁核体积不大，但对情绪反应十分重要，尤其是恐惧。当动物个体遭遇伤害性刺激，大脑杏仁核的特定区域会“因为学会害怕”，从而产生恐惧的记忆。
杏仁核是情绪学习和记忆的重要结构。和海马体一样，杏仁核对新异刺激出现朝向反应，破坏两侧杏仁核的动物，对新异视觉刺激的朝向反应大为降低，缺乏对恐惧事件的辨识和反应。具有情绪意义的刺激会引起杏仁核电活动的强烈反应，并形成长期的痕迹储存于脑中。
杏仁核与其它皮质下中枢一样，也是动物神经中枢，它能调节机体呼吸、心血管、胃肠道等的功能，尤其是情绪刺激伴随的动物神经反应受杏仁核直接调控。它亦参与调节机体的性活动、摄食及调控下丘脑的作用，从而参与控制和调节垂体激素的分泌，调控神经内分泌系统功能。
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