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此条目页的主题是台湾的公设财团法人。关于其他名称类似之机构，请见“国家卫生院”。国家卫生研究院，简称国卫院、国家卫生院[1]，是中华民国的医药及卫生研究机构，属于公设财团法人，总部位于苗栗县竹南镇的竹科竹南园区。最早的成立构想是在1988年，1996年依《财团法人国家卫生研究院设置条例》[2]正式成立。创立基金来自政府捐助，每年运作的主要经费亦来自卫生福利部。
该院主要研究的对象是医学、药物、卫生或其他生命科学领域，以及相关的技术，例如疫苗研发。除了研究以外，也提供一些研究资源，例如细胞库、全民健保数据库和每年整合型医药卫生研究计划经费之补助，或是进行医学专科人才的训练。研究院附设了一座cGMP生物制剂厂，负责疫苗研究及疫苗研究成果与产业界大量生产的衔接。
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国家卫生研究院最早的成立构想是在1988年的中央研究院院士会议中被提出，1991年12月开始规划，期间推展“行政院卫生署整合性医药卫生科技研究计划”业务。1994年7月，于台北市仁爱路设立“国家卫生研究院筹备处”。正式成立是在1996年正式成立“国家卫生研究院”，当时是在中央研究院中举行成立揭牌。
国卫院刚开始的研究单位大多是散布在各个相关的研究机构或租借办公大楼中。2004年，位在苗栗县竹南镇的新竹科学工业园区竹南园区内的新院区完工之后，所属的研究与业务单位才陆续搬到竹南院区。2007年9月，在国立成功大学校区成立南部癌症研究中心。
2012年，国家卫生研究院员工筹组工会，并于7月6日举行揭牌仪式，创会会员数322人[3]。
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| 任次 | 姓名 | 就职时间 | 卸任时间 |
|---|---|---|---|
| 董事长（主管机关首长兼任） | |||
| 1 | 张博雅 | 1996年1月 | 1997年8月31日 |
| 2 | 詹启贤 | 1997年9月1日 | 2000年5月20日 |
| 3 | 李明亮 | 2000年5月20日 | 2002年8月31日 |
| 4 | 涂醒哲 | 2002年9月1日 | 2003年5月16日 |
| 5 | 陈建仁 | 2003年5月17日 | 2005年1月31日 |
| 6 | 侯胜茂 | 2005年2月17日 | 2008年5月19日 |
| 7 | 林芳郁 | 2008年5月20日 | 2008年9月25日 |
| 8 | 叶金川 | 2008年9月26日 | 2009年8月6日 |
| 9 | 杨志良 | 2009年8月7日 | 2011年8月8日 |
| 10 | 邱文达 | 2011年8月9日 | 2014年10月3日 |
| 11 | 林奏延 | 2014年10月4日 | 2014年10月22日 |
| 12 | 蒋丙煌 | 2014年10月22日 | 2016年5月20日 |
| 13 | 林奏延 | 2016年5月20日 | 2017年2月7日 |
| 14 | 陈时中 | 2017年2月8日 | 2022年7月17日 |
| 15 | 薛瑞元 | 2022年7月18日 | 现任 |
| 院长 | |||
| 1 | 吴成文院士 | 1996年 | 2005年 |
| 代理 | 梁赓义院士 | 2006年1月1日 | 2006年6月30日 |
| 2 | 伍焜玉院士 | 2006年7月1日 | 2012年8月31日 |
| 代理 | 王陆海院士 | 2012年8月31日 | 2012年12月21日 |
| 3 | 龚行健院士 | 2012年12月21日 | 2015年12月31日 |
| 代理 | 余幸司院士 | 2016年1月1日 | 2017年12月6日 |
| 4 | 梁赓义院士 | 2017年12月6日 | 2022年12月5日 |
| 5 | 司徒惠康院士 | 2022年12月6日 | 现任 |
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