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古根菌纲（学名：Archaeorhizomycetes）是子囊菌门外囊菌亚门下的一个纲，发表于2011年，其下只有一个单型目古根菌目（Archaeorhizomycetales）、一个单型科古根菌科（Archaeorhizomycetaceae）与一个单型属古根菌属（Archaeorhizomyces），目前只有两种物种被发表。古根菌纲下的物种广泛分布于全球，除南极洲外在各大洲皆有分布[1]，生长于土壤中植物根部的附近。[2][3]
古根菌纲的学名Archaeorhizomycetes源自于希腊文的Αρχαίο（arkhaio，意为古老，指古根菌纲在子囊菌门的演化树中，属于相对较早分支的演化支）与ῤίζα（rhiza，意为根）两词[2]。
在古根菌纲发表之前，已有超过50篇研究分析土壤中微生物的DNA样本时发现了本纲物种的存在，并称之为“土壤菌株1”（Soil Clone Group 1）。2011年的研究透过rDNA序列的定序，发现这个演化支的真菌属于外囊菌亚门，且是包含裂殖酵母纲与肺孢子菌纲的演化支之姊妹群[2]。古根菌纲真菌的菌丝体生长缓慢，其菌丝具有两层细胞壁，表面有一些分泌物，直径1-2微米，且可能会形成直径3-6微米的厚垣孢子[2]。本纲物种虽常出现在植物根部，但没有证据显示它们可以与植物形成菌根，也没有证据表明它们是植物病原菌，因此其出现于根部可能是与其他种形成菌根的真菌互动，而非与植物互动所致，且因其可于仅含葡萄糖或仅含纤维素的培养基生长，也可能属于不直接依赖植物供给有机物的腐生菌[2]，因其生态地位不甚明朗，发现者之一的密歇根大学真菌学家提姆西‧詹姆士（Timothy James）称其为“一种有点无趣的真菌”[4]。古根菌纲的真菌在苔原的生长有季节性，在夏天大量生长，其他季节则阙如[2]。
古根菌纲下第一个发表的物种是与本纲一起发表的Archaeorhizomyces finlayi，其种小名为表彰瑞典农业科学大学的真菌学家Roger D. Finlay对根际生态学的研究贡献。2014年，发现古根菌纲的研究团队又发表了本纲的第二个物种Archaeorhizomyces borealis，并根据公开数据库中的DNA序列资料，估计本纲可能有超过500种未被描述的物种，[5]且这篇研究也做出了外囊菌亚门新的演化树，其中古根菌纲与粒毛盘菌纲互为姊妹群，两者皆是外囊菌亚门演化上最早分支的类群[5]。
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