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叠层石(英语:Stromatolite,或称层叠石,源自希腊文strōma与lithos)可定义为“从某一点或有限的表面开始增生,并聚集石化,形成逐渐增大的沉淀物生成构造”。自然界中有许多不同型态的叠层石,包括圆锥状、层状、分枝状、圆顶状或圆柱状等。
一般认为叠层石是由一些微生物,尤其是蓝绿菌(旧称蓝绿藻)所黏结堆砌而成,不过事实上古代的叠层石只有少数含有微生物化石。关于如何有效辨识生物性与非生物叠层石,是地质学的研究对象之一。地球上有许多形成于前寒武纪的叠层石,其中较早的(如太古元)可能是单细胞蓝菌聚落所遗留的化石;较晚的(如显生元)则可能为真核绿藻的早期型态。而澳洲西部最古老的蓝绿菌叠层石为35亿年。
现代叠层石主要可见于盐湖或潟湖当中,这些极端地带较缺乏动物的觅食,例如澳洲西部的鲨鱼湾哈美林池 。此外位于墨西哥北部沙漠的Cuatro Ciénegas,也有发现一些处于淡水之中的叠层石。
蓝菌行光合作用,周围的二氧化碳开始减少,产生了碳酸钙的沉淀。这些沉淀物被一层细菌的菌落周围的黏液抓住,这个过程不断进行,就变成了一层层的菌体和沉淀物的组合,也就是叠层石。
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