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浙江宁波人。1956年8月,出生于上海市。1977年至1982年,就读于上海第一医学院医学系,获得医学学士学位。毕业后,分配在在上海第一医学院附属华山医院放射科工作。1983年至1989年 ,在上海医科大学攻读医学博士学位。1989年,获得上海医科大学医学博士学位。[1]
1988年至1997年间,曾先后在美国加州大学旧金山分校附属医学中心、瑞典隆德大学医院、比利时布鲁塞尔自由大学医学院访问研究。1996年,晋升为上海医学院教授。[1]
2011年4月28日,出任复旦大学党委常委、复旦大学副校长。冯晓源是中华医学会放射学会候任主任委员,并担任上海医学会医学教育学分会主任委员。他是上海生物医学工程学会副理事长,兼任放射工程专业委员会主任委员。他曾担任多种学术刊物编委,包括《中华放射学杂志》(副总编)、《中国医学计算机成像杂志》(责任主编)等。[2]
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