根据世界鱼类数据库（FishBase）记录，截止2022年1月11日收录本属37种：
- 高体云南鳅 Yunnanilus altus Kottelat & Chu, 1988
- 长臀云南鳅 Yunnanilus analis Yang, 1990
- 白莲云南鳅 Yunnanilus bailianensis Yang, 2013
- 巴江云南鳅 Yunnanilus bajiangensis Li, 2004
- 北盘江云南鳅 Yunnanilus beipanjiangensis beipanjiangensis Li, Mao & Sun, 1994
- 短身云南鳅 Yunnanilus brevis (Boulenger, 1893)
- 草海云南鳅 Yunnanilus caohaiensis Ding, 1992
- 川河云南鳅 Yunnanilus chuanheensis Jiang, Zhao, Du & Wang, 2021
- 褚氏云南鳅 Yunnanilus chui Yang, 1991
- 十字云南鳅 Yunnanilus cruciatus (Rendahl, 1944)
- 异色云南鳅 Yunnanilus discoloris Zhou & He, 1989
- 纺锤云南鳅 Yunnanilus elakatis Cao & Zhu, 1989
- 叉尾云南鳅 Yunnanilus forkicaudalis Li, 1999
- 干河云南鳅 Yunnanilus ganheensis An, Liu & Li, 2009
- 靖西云南鳅 Yunnanilus jinxiensis Zhu, Du & Chen, 2009
- 九尺云南鳅 Yunnanilus jiuchiensis Du, Hou, Chen & Yang, 2018[2]
- 长须云南鳅 Yunnanilus longibarbatus Gan, Chen & Yang, 2007
- 长鳔云南鳅 Yunnanilus longibulla Yang, 1990
- 长背云南鳅 Yunnanilus longidorsalis Li, Tao & Lu, 2000
- 臌腹云南鳅 Yunnanilus macrogaster Kottelat & Chu, 1988
- 大鳞云南鳅 Yunnanilus macrolepis Li, Tao & Mao, 2000
- 大斑云南鳅 Yunnanilus macroistainus Li, 1999
- 南盘江云南鳅 Yunnanilus nanpanjiangensis Li, Mao & Lu, 1994
- 黑体云南鳅 Yunnanilus niger Kottelat & Chu, 1988
- 黑斑云南鳅 Yunnanilus nigromaculatus (Regan, 1904)
- 牛栏云南鳅 Yunnanilus niulanensis Chen, Yang & Yang, 2012
- 吻钝云南鳅 Yunnanilus obtusirostris Yang, 1995，钝吻云南鳅
- 宽头云南鳅 Yunnanilus pachycephalus Kottelat & Chu, 1988
- 沼泽云南鳅 Yunnanilus paludosus Kottelat & Chu, 1988
- 小云南鳅 Yunnanilus parvus Kottelat & Chu, 1988
- 侧纹云南鳅 Yunnanilus pleurotaenia (Regan, 1904)
- 多鳞云南鳅 Yunnanilus polylepis Qin, Shao, Du & Wang, 2024[3]
- 丽纹云南鳅 Yunnanilus pulcherrimus Yang, Chen & Lan, 2004
- 曲靖云南鳅 Yunnanilus qujinensis Du, Lu & Chen, 2015
- 四川云南鳅 Yunnanilus sichuanensis Ding, 1995
- 横斑云南鳅 Yunnanilus spanisbripes An, Liu & Li, 2009
- 虎斑云南鳅 Yunnanilus tigerivinus Li & Duan, 1999
- 阳宗海云南鳅 Yunnanilus yangzonghaiensis Cao & Zhu, 1989
