台南市医疗机构列表，系根据行政院卫生署依各医疗机构规模、功能、服务范围及医疗品质所做的医院评鉴、教学医院评鉴及督导考核，共分为三个等级。台南市的特优医院有3所、优等医院有7所、合格医院有19所，本列表系列出属于合格医院以上等级之医疗院所。
特优医院
| 医院名称 | 地区 | 现任院长 | 医师数目 | 员工数目 | 总病床数 | 创院时间 | 面积（公顷） |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 国立成功大学医学院附设医院 | 北区 | 林炳文 | 532名 | 2,648名 | 1193床 | 1988年 | 7.4公顷 |
| 奇美医疗财团法人柳营奇美医院 | 柳营区 | 黄顺贤 | 876床 | 2004年 | |||
| 台南市立医院 | 东区 | 蔡良敏 | 1,170名 | 637床 | 1988年 |
优等医院
| 医院名称 | 地区 | 现任院长 | 总病床数 | 创院时间 | 面积（公顷） |
|---|---|---|---|---|---|
| 卫生福利部台南医院 | 西区 | 李伯璋 | 663床 | 1896年 | |
| 台湾基督长老教会台南新楼医院 | 东区 | 刘启举 | 466床 | 1865年 | |
| 台湾基督长老教会麻豆新楼医院 | 麻豆区 | 刘启举 | 379床 | 1997年 | |
| 郭综合医院 | 中西区 | 郭宗正 | 367床 | 1958年 | |
| 奇美医疗财团法人佳里奇美医院（原佳里医疗社团法人佳里医院） | 佳里区 | 周伟倪 | 333床 | 1994年 | |
| 奇美医疗财团法人奇美医院 及树林院区 |
南区 | 邱仲庆 | 1284床 | 1990年 | |
| 卫生福利部胸腔病院及其门诊部 | 仁德区 | 李伯璋 | 102床 | 1915年 | |
| 台南市立安南医院-委托中国医药大学兴建经营 | 安南区 | 林圣哲 | 956床 | 2013年 |
合格医院
| 医院名称 | 地区 | 现任院长 | 创院时间 | 面积（公顷） |
|---|---|---|---|---|
| 卫生福利部新营医院 | 新营区 | 蔡明世 | 1948年 | |
| 卫生福利部新营医院北门分院 | 北门区 | 谢文淮 | 1978年 | |
| 卫生福利部台南医院新化分院 | 新化区 | 李伯璋 | 2001年 | |
| 高雄荣民总医院台南分院 | 永康区 | 郑锦翔 | 1957年 | |
| 营新医院 | 新营区 | 郑群亮 | 2000年 | |
| 志诚医院（原陈志诚耳鼻喉科医院） | 北区 | 陈志诚 | 1993年 | |
| 新兴医疗社团法人新兴医院 | 新营区 | 林金德 | 1973年 | |
| 仁爱医疗社团法人仁爱医院 | 东区 | 许重庆 | 1986年 | |
| 永和医院 | 中西区 | 杨永和 | 1985年 | |
| 洪外科医院 | 中西区 | 洪正义 | 1990年 | |
| 信一骨科医院 | 新营区 | 王志坚 | ||
| 宏科医院 | 善化区 | 谢志宏 | ||
| 永达医疗社团法人永达医院 | 永康区 | |||
| 开元寺慈爱医院 | 北区 | |||
| 永川医院 | 中西区 | |||
| 仁村医院 | 中西区 | |||
| 佑昇医院 | 白河区 | |||
| 新生医院 | 佳里区 |
其他督考合格医院
| 医院名称 | 地区 | 现任院长 | 创院时间 | 面积（公顷） |
|---|---|---|---|---|
| 晋生医疗社团法人晋生慢性医院 | 永康区 |
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