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在植物学里,胚轴 又称 胚茎,是胚的一个部分,为连接胚芽与胚根的过渡部;胚轴要在种子发芽后,才伸长而变明显。胚轴以子叶作为分界,位于子叶着生点以上的部分称为上胚轴(英语:epicotyl),位于子叶着生点以下的部分称为下胚轴(英语:hypocotyl)。
植物胚在发芽的过程中,胚根向下生长至土壤之中。在胚根发育之后,在胚根之上的胚轴是初始支撑子叶的构造,后续会发育成茎的一小部分。(大部分的茎由胚芽发育而成)
在一些植物里,胚轴可作为储藏养分的器官,例如仙客来和大岩桐。
注:另有学者定义胚轴为胚芽、上胚轴、下胚轴、胚根的合称。
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