相较于一个静态的染色体而言,细胞内的转录物组是一个处于不断变化的动态过程。随着现在的次世代基因测序(NGS)技术的发展,使得可测得的DNA碱基覆盖面增加且样本输出的吞吐量增大。有助于对细胞内RNA转录物进行测序,提供包括选择性剪接的转录、转录后的修饰、基因融合、突变/SNPs以及基因表达量改变等细节[3]。,RNA测序不仅能检测mRNA的转录,还能观测到包括总RNA和小RNA(miRNA、tRNA和核糖体RNA)在内不同尺度的RNA表达谱[4]。RNA测序还能用来确定外显子/内含子的边界,修正之前注释的5'和3'端基因边界。未来的RNA测序研究还包括观察感染时细胞传导路径的变化[5]和癌症中不同基因表达程度[6]。下一代基因测序之前,对转录物组学和基因表达的研究主要基于基因表达芯片(微阵列),后者包含数以千计用于探测靶向序列的DNA探针,可以得到所有表达出转录物的表达谱。基因表达芯片之后,基因表达的系列分析(英语:Serial analysis of gene expression)(SAGE)是主要的基因分析技术。
相较于一个静态的染色体而言,细胞内的转录物组是一个处于不断变化的动态过程。随着现在的次世代基因测序(NGS)技术的发展,使得可测得的DNA碱基覆盖面增加且样本输出的吞吐量增大。有助于对细胞内RNA转录物进行测序,提供包括选择性剪接的转录、转录后的修饰、基因融合、突变/SNPs以及基因表达量改变等细节[7]。,RNA测序不仅能检测mRNA的转录,还能观测到包括总RNA和小RNA(miRNA、tRNA和核糖体RNA)在内不同尺度的RNA表达谱[8]。RNA测序还能用来确定外显子/内含子的边界,修正之前注释的5'和3'端基因边界。未来的RNA测序研究还包括观察感染时细胞传导路径的变化[9]和癌症中不同基因表达程度[10]。下一代基因测序之前,对转录物组学和基因表达的研究主要基于基因表达芯片(微阵列),后者包含数以千计用于探测靶向序列的DNA探针,可以得到所有表达出转录物的表达谱。基因表达芯片之后,基因表达的系列分析(英语:Serial analysis of gene expression)(SAGE)是主要的基因分析技术。
Qian F, Chung L, Zheng W; et al. Identification of Genes Critical for Resistance to Infection by West Nile Virus Using RNA-Seq Analysis. Viruses. 2013, 5 (7): 1664–81. PMID 23881275. doi:10.3390/v5071664.
Qian F, Chung L, Zheng W; et al. Identification of Genes Critical for Resistance to Infection by West Nile Virus Using RNA-Seq Analysis. Viruses. 2013, 5 (7): 1664–81. PMID 23881275. doi:10.3390/v5071664.
Wu TD, Watanabe CK. GMAP: a genomic mapping and alignment program for mRNA and EST sequences. Bioinformatics. May 2005, 21 (9): 1859–75. PMID 15728110. doi:10.1093/bioinformatics/bti310.