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1890年,出生于冈山県阿贺郡新见町(现:新见市)。经历旧制第一高等学校后,进入京都帝国大学。1916年,毕业于京都帝国大学医学院。毕业后,进入该大学生理学教室,1918年成为讲师。
1918年12月,转任新设立的庆应义塾大学医学部生理学教授。主要研究麻醉时的神经兴奋传导,于1923年在第2回日本生理学会上提出了“不衰减传导学说”。该学说在国际上得到了高度评价,1927年,获得了帝国学士院奖。尽管在获奖后不久即发生了与京都帝国大学石川日出鹤丸等人的争议[2],他后来成功地进行了世界上首次单一神经纤维的实验,为当今神经生理学的发展做出了贡献。[3]。1950年,从庆应大学退休。
在学界方面,1976年,加藤元一被选为日本学士院会员。在国际上,他是阿根廷生物学会及医学协会的名誉会员,以及美国生理学会的名誉会员。另外,在1958年,他被推举为出生地冈山県新见市的名誉市民。
1979年5月1日逝世,安葬于新见市的云居寺[4]。
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