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真菌者,真核生物之類也。微至酵母菌,巨至菇蕈,皆屬其類。其以不動型類植物,以合肝醣類動物,不以花生殖是順故,嘗與藻類被稱隠花植物。一九六九年,洋人惠塔克氏(Whittaker)暢五界説,真菌由是獨立,是為「真菌界」。今分子系統析,菌類遠植物而近動物(後鞭毛生物)。真菌之屬,有染植物而致病疫者,有侵動物而致癬疾者,然多者並無其害,或成地衣以給養,或組菌根以輸通,其分解養分,以歸之於大地。微真菌,生態系其四分五裂矣。真菌亦為人所用,食品藥物,得益於真菌者眾。
盤古之時,真菌者惟四門,壺、接合、子囊、擔子是矣。二零零七年英真菌學會云,真菌界有微孢子蟲門、壺菌門、新麗鞭毛菌門、芽枝霉門、捕蟲黴菌亞門、梳霉亞門、蟲黴菌亞門、毛黴菌亞門、球囊菌門、含子囊菌門、擔子菌門之雙核亞界。今者十載打過,分類遞嬗,二零一八年,真菌界十有八門矣。
今分子系統析云,真菌近動物。云二者由類「領鞭毛蟲」(choanoflagellate)之祖先分岐。領鞭毛蟲者,單幺也,細胞在盃状物,後有一鞭。真菌原始之壺菌類與之同,有一鞭,證據是也。故總動物與真菌,名以後鞭毛類。
古來,卵菌與黏菌亦真菌之屬,然今之所知,其形類真菌,乃趨同所致,非真菌矣。今前者歸於SAR分類群,而後者歸之變形蟲界矣。
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