Sông Chảy dài 303km, diện tích lưu vực 4.527km².[3]
Trong sách Kiến văn tiểu lục của Lê Quý Đôn thì sông Chảy còn có tên là Lôi hà[4], theo sách Tang thương ngẫu lục thì còn tên gọi khác là Bái hà.
Từ Chiêu Lầu Thi tới gần xã Bản Péo nó chảy theo hướng tây-đông, chuyển sang hướng bắc-nam tới gần thị trấn Vinh Quang của huyện Hoàng Su Phì, từ đây nó chảy theo hướng đông-tây, qua huyện Xín Mần tới huyện Si Ma Cai. Trên đoạn này, khoảng 5km của sông Chảy là biên giới Việt-Trung giữa tỉnh Lào Cai, Việt Nam (bao gồm ranh giới các xã Lùng Cải, Lùng Sui, Sán Chải, Si Ma Cai và Nàn Sán), với tỉnh Vân Nam, Trung Quốc. Từ chỗ giáp ranh hai xã Tả Gia Khâu và Thào Chư Phìn của huyện Si Ma Cai nó chảy theo hướng bắc-nam tới địa phận hai xã Cốc Ly và Nậm Mòn thuộc huyện Bắc Hà. Từ đây nó chảy theo hướng tây bắc-đông nam, gần như song song với sông Thao[5], cách con sông này khoảng 15km, với dãy núi Con Voi ở giữa ngăn lưu vực hai dòng sông. Qua địa phận xã Việt Tiến (huyện Bảo Yên) nó chảy vào địa phận các xã Minh Chuẩn, An Lạc và Tô Mậu của huyện Lục Yên tỉnh Yên Bái. Tại địa phận huyện này và huyện Yên Bình là hồ Thác Bà dài hơn 50km, do đập ngăn nước của nhà máy thủy điện Thác Bà tạo ra. Sau khi chảy qua thị trấn Thác Bà và các xã Hán Đà, Đại Minh của huyện này thì nó chảy vào xã Đông Khê, huyện Đoan Hùng tỉnh Phú Thọ để sau đó hợp lưu với sông Lô tại ranh giới giữa thị trấn Đoan Hùng và hai xã Chí Đám.
Trên dòng chính sông Chảy đến năm 2021 đã xây dựng 10 thủy điện.
Thủy điện Bảo Nhai 1 công suất lắp máy 14 MW, sản lượng điện hàng năm 54,56 triệu KWh, xây dựng tại xã Bảo Nhai huyện Bắc Hà, khởi công 2019, hoàn thành 2021. 22°27′11″B104°14′33″Đ
Thủy điện Vĩnh Hà công suất lắp máy 21 MW, sản lượng điện hàng năm 89 triệu KWh, xây dựng tại xã Tân Dương & Thượng Hà huyện Bảo Yên tỉnh Lào Cai, khởi công tháng 5/2013, hoàn thành tháng 9/2016 22°18′13″B104°27′12″Đ