Câu lạc bộ bóng đá Thanh Hóa là đội bóng đá đã bị giải thể trên địa bàn tỉnh Thanh Hóa. Đội bóng này có nhiều giai đoạn thành lập, giải thể, sáp nhập, tái lập và dùng lại tên.
Sau năm 1954, phong trào thể thao và bóng đá ở Thanh Hóa phát triển mạnh, dự định thành lập một đội bóng đá của tỉnh để làm nòng cốt phát triển phong trào bóng đá trong tỉnh.
Năm 1962, để làm nòng cốt phát triển phong trào bóng đá ban thể dục thể thao tỉnh Thanh Hóa (tiền thân của sở Văn hóa - thể thao - du lịch Thanh Hóa) đã thành lập Đội bóng đá Thanh niên Thanh Hóa, quy tụ các tài năng bóng đá được tuyển chọn từ các giải phong trào trong địa phương.
Cuối năm 1962 để giải quyết đầu ra cho vận động viên sau khi hoàn thành nhiệm vụ đá bóng, tỉnh Thanh Hóa đã quyết định chuyển đội bóng đá Thanh niên Thanh Hóa về nhà máy cơ khí Thanh Hóa để vận động viên vừa đá bóng vừa học nghề tại nhà máy với tên gọi mới là Đội bóng đá Cơ khí Thanh Hóa.
Trong những năm cuối thập niên 1990, niềm tự hào của bóng đá Thanh Hóa là đội Công an Thanh Hóa thi đấu không ổn định và bị giải thể vào năm 1994, các đội tuyển trẻ của Thanh Hóa, do Sở Thể dục thể thao Thanh Hóa quản lý và đào tạo vẫn đạt các thành tích tốt, như chức Vô địch Quốc gia của đội tuyển U19 Thanh Hóa vào năm 1997. Để vực dậy nền bóng đá đã sa sút, UBND tỉnh Thanh hóa đã quyết định thành lập Đoàn bóng đá Thanh Hóa.
Năm 2000, sở thể dục thể thao (tiền thân của sở Văn hóa - thể thao - du lịch Thanh Hóa) đã tái lập Đội bóng đá Thanh Hóa chơi ở giải bóng đá hạng nhì Việt Nam 2000 - 2001.
Ngày 11 tháng 5 năm 2005 đội bóng đá Thanh Hóa ký hợp đồng tài trợ 1,5 tỷ đồng với công ty liên doanh IBD và quyết định ghép tên Halida cũng như đổi tên thành Câu lạc bộ bóng đá Halida Thanh Hóa.[1]
Năm 2008, từ giai đoạn 2 của V-League 2008, tài trợ của đội chuyển giao cho Tập đoàn Công Thanh tiếp nhận và đội chuyển sang cái tên mới Câu lạc bộ bóng đá Xi măng Công Thanh Thanh Hóa[2].
Ngày 25 tháng 6 năm 2009, nhà tài trợ Xi măng Công Thanh rút tài trợ khi chưa hết mùa giải[3]. Câu lạc bộ bóng đá Xi măng Công Thanh Thanh Hóa được chuyển giao về ủy ban nhân dân tỉnh Thanh Hóa và chính thức được dùng tên gọi Câu lạc bộ bóng đá Thanh Hóa lần đầu tiên bởi quyết định số 3339/QĐ-UBND phó Chủ tịch ủy ban nhân dân tỉnh Thanh Hóa Vương Văn Việt ký ngày 29 tháng 9 năm 2009.[4].
Ngày 18 tháng 1 năm 2010, ông Vương Văn Việt phó chủ tịch ủy ban nhân dân tỉnh Thanh Hóa ký quyết định giải tán câu lạc bộ bóng đá Thanh Hóa và sáp nhập vào câu lạc bộ bóng đá Lam Sơn Thanh Hóa (nay là câu lạc bộ bóng đá FLC Thanh Hóa).[5].
Dùng lại tên sau giải thể
Từ đầu mùa giải bóng đá vô địch quốc gia 2011 đến hết giai đoạn 1 mùa giải bóng đá vô địch quốc gia 2015, công ty Cổ phần bóng đá Thanh Hóa đã sử dụng lại tên gọi câu lạc bộ bóng đá Thanh Hóa cho đội bóng thuộc quyền quản lý của họ. Bắt đầu từ vòng 13 V-League 2015 khi đội bóng này bắt đầu chuyển giao chủ sở hữu thì đã bỏ không còn dùng tên gọi câu lạc bộ bóng đá Thanh Hóa nữa mà chuyển dùng tên gọi câu lạc bộ bóng đá FLC Thanh Hóa.[6][7][8]