РНК-полімераза II (RNAP II абоPol II)— еукаріотичний ензим, що грає центральну роль у процесі транскрипції протеїн-кодуючих генів. Використовуючи геномну ДНК як шаблон, РНК-полімераза ІІ синтезує прекурсор матричної РНК(мРНК), а також більшість мяРНК та мікроРНК.[2][3]
РНК-полімераза ІІ є висококонсервативним білком, чия тривимірна будова та механізм дії в головних своїх рисах не змінились від дріжджів до ссавців.[4]
РНК-полімераза ІІ дріжджів складається з 12 субодиниць, що мають сумарну молекулярну масу 550 кДа. РНК-полімераза ІІ є найбільш вивченою РНК-полімеразою. Для ініціації транскрипції за участю РНК-полімерази ІІ необхідна велика кількість допоміжних білків, головним чином факторів транскрипції.
«Ядро» очищеної еукаріотичної РНК-полімерази ІІ (the eukaryotic core RNA polymerase II)[5] складається з 10-12 субодиниць (12 у людини та дріжджів) та не здатне самостійно розпізнавати промоторні послідовності генів.[6]Спосіб взаємодії різних субодиниць між собою детально вивчений.[7]
RPB1 (ДНК-залежна РНК-полімераза субодиниця 1)— ензим, що в людському геномі кодується геном POLR2A та геном RPO21 у дріжджах. RPB1— це найбільша субодиниця РНК-полімерази II. В поєднанні з деякими іншими субодиницями RPB1 утворює ДНК-зв'язуючий сайт полімерази— заглиблення, в якому ДНК зчитується у молекулу РНК.[8] Основними партнером по взаємодії є RPB8.[7]
Субодиниця RPB1 є найбільшою і містить C-кінцевий домен, що складається з великої кількості (до 52 одиниць у людини, 26 у дріжджів) семипептидних повторів Tyr1‑Ser2‑Pro3‑Thr4‑Ser5‑Pro6‑Ser7, які є критично важливими для полімеразної активності.[9] Загалом цей домен є досить еволюційно консервативним. Його модифікації, такі як фосфорилювання є важливими модифікаторами ативності полімерази. Так, при ініціації транскрипції важливим є високий рівень фосфорилювання Ser5 та низькі рівні фосфорилювання Tyr1 та Ser2, які повинні бути фосфорильовані, навпаки, для термінації транскрипції.[10] Також C-кінцевий домен є платформою для взаємодії з багатьма іншими білками, які беруть участь у транскрипції та процесингу РНК: у кепуванні, сплайсингу, поліаденілуванні тощо[10].
RPB2-субодиниця кодується геном POLR2B та є другою за величиною у комплексі РНК-полімерази ІІ. В поєднанні з як мінімум двома іншими субодиницями утворює структуру, яка підтримує контакт між ДНК-матрицею та новосинтезованою РНК в активному сайті полімерази.[11]
RPB3-субодиниця кодується геном POLR2C та є третьою за величиною в комплексі. Існує у вигляді гетеродимеру із субодиницею, підтримуючи архітектуру ядра полімерази. RPB3 взаємодіє з RPB1-5, 7, 10-12.[7]
RPB4— четверта за величиною субодиниця, кодується геном POLR2D,[12] виконує стабілізаційні функції.
RPB5— кодується геном POLR2E. В РНК-полімеразі II присутні дві такі субодиниці.[13] RPB5 безпосередньо взаємодіє з RPB1, RPB3, та RPB6.[7]
RPB6 кодується геном POLR2F— стабілізує положення комплексу на ДНК-матриці.[14]
RPB7— кодується геном POLR2G та ймовірно грає роль в регуляції активності полімерази.[15] RPB7 взаємодіє з RPB1 та RPB5.[7]
RPB8 (ген POLR2H)— взаємодіє із субодиницями RPB1-3, 5, та 7.[7]
RPB9— заглиблення, в яке входить ДНК-матриця і де вона зчитується (транскрибується) в РНК-продукт; утворене субодиницями RPB9 (ген POLR2I) та RPB1.
RPB10— кодується геном POLR2L. Взаємодіє з субодиницями RPB1-3 та 5, а також сильно з RPB3.[7]
RPB11— у людини складається з трьох менших субодиниць: POLR2J (RPB11-a), POLR2J2 (RPB11-b), та POLR2J3[16] (RPB11-c).
RPB12— субодиниця взаємодіє з RPB3 та RPB12 (ген POLR2K).[7]
RPB3 бере участь в ассемблінгу РНК-полімерази II.[17] Субодиниці RPB2 та RPB3 поєднуються одразу після біосинтезу складових частин полімерази.[17] Вони в свою чергу взаємодіють з RPB1.[17] RPB3, RPB5, та RPB7 взаємодіють самі з собою, утворюючи гомодимери, після чого RPB3 разом із RPB5 мають змогу об'єднати всі інші субодиниці, окрім RPB9.[7] Тільки RPB1 сильно взаємодіє з RPB5.[7] Субодиниця RPB1 контактує з RPB7, RPB10, а також деякою мірою з RPB8.[7] Як тільки RPB1 приєднується до комплексу, інші субодиниці, такі як RPB5 та RPB7, можуть також входити до його складу; в свою чергу RPB5 приєднується до RPB6 та RPB8, а RPB3 приєднується до RPB10, RPB 11, та RPB12.[7] RPB4 та RPB9 приєднуються на завершальній фазі ассемблінгу. RPB4 зв'язується з RPB7.[7]
Голоензим РНК-полімерази ІІ— це комплекс, що складається з власне полімерази, факторів транскрипції та інших регуляторних білків для ініціації транскрипції на промоторах протеїн-кодуючих генів.[6]
Частина голоензиму має назву комплекс преініціації (the preinitiation complex), тому що саме цей комплекс білків утворюється перед початком транскрипції. Медіатор (the mediator complex) грає роль посередника між РНК-полімеразою ІІ та факторами транскрипції.
Активність РНК-полімерази ІІ є опосередковано залежною від локальної структури хроматину, а саме до пост-трансляційних модифікацій гістонів.
Odil Porrua & Domenico Libri (March 2015). Transcription termination and the control of the transcriptome: why, where and how to stop. Nature reviews. Molecular cell biology. 16 (3): 190—202. doi:10.1038/nrm3943. PMID25650800.
