Батько Маркоса — Христос ліванець, а матір — грецька кіприотка. Почав грати в теніс у п'ять років разом із батьком та двома старшими братами Мартіносом і Петросом.
14 липня 2012 року в Тракошчані одружився з колишньою хорватською тенісисткою Кароліні Шпрем, з якою зустрічався з 2010 року. 20 жовтня 2012 року Шпрем у Загребі народила Маркосу доньку Захару.
Кумиром у дитинстві був Патрік Рафтер, але також подобалися Андре Агассі і Піт Сампрас. Любить грати і дивитися футбол. Улюблена футбольна команда — Аполлон. У 2005 році отримав премію «Людина року» на Кіпрі.
Початок кар'єри
Багдатіс в кваліфікаційному матчі на US Open-2004
Професійну кар'єру розпочав у 2003 році. У цей рік він виграв на юніорському турнірі Відкритого чемпіонату Австралії. У квітні того ж року він виграв перший «Ф'ючерс». До кінця року він виграв ще три турніри цієї серії, а також вийшов у фінал турніру «Челленджера» в Бухарі. У 2004 році виступив на Літніх Олімпійських іграх у Афінах, де зумів вийти у другий раунд. У цьому ж сезоні на Відкритому чемпіонаті США дебютував в основних змаганнях на турнірі серії Великого шолома. Йому вдалося вийти у другий раунд, де він вперше зіграв із першою ракеткою світу Роджером Федерером у якого зміг виграти один сет 2-6, 7-6(4), 3-6, 1-6. Восени 2004 року виграв два «Челленджери» (в Болтоні і Братиславі).
На Відкритому чемпіонаті Австралії 2005 року Багдатіс вийшов у четвертий раунд, обігравши Федеріко Луцци, Івана Любичича і Томмі Робредо. Шлях далі йому перегородив № 1 у світі Роджер Федерер. Цей результат дозволив Маркосу увійти у першу сотню. Після турніру отримав травму ліктя і не виступав до кінця квітня. У червні виграв «Челленджер» в Кордобі. У жовтні він вийшов у чвертьфінал турніру в Токіо і вперше у фінал турніру ATP в Базелі.
2006—2007
У 2006 році стартував з турніру в Дохі, де дійшов до чвертьфіналу. Найбільший професійний успіх Багдатіса — вихід у фінал Відкритого чемпіонату Австралії у 2006 році. Для 20-річного кіприота це був всього лише другий в кар'єрі фінал турніру ATP, Маркос навіть не був сіяним в Австралії. На шляху він обіграв трьох тенісистів з першої десятки (у четвертому раунді Енді Роддіка і в чвертьфіналі Івана Любичича). У півфіналі Багдатіс програвав № 4 у світі Давиду Налбандяну 0-2 по сетах, але зумів перемогти. У фіналі кіприот, підтримуваний грецькою діаспорою в Австралії, виграв у Роджера Федерера перший сет і вів у другому з брейком, але потім швейцарець перехопив ініціативу і впевнено довів матч до перемоги.
Історія виступу на Відкритому чемпіонаті Австралії 2006 року
Завдяки цьому виступу Маркос в рейтингу піднявся на 27 місць і став займати 27-й рядок. У березні 2006 року зміг вийти у чвертьфінал на турнірі серії Мастерс в Індіан-Веллсі. Ґрунтова частина сезону склалася для Багдатіса невдало і він так не зміг подолати перших раундів на турнірах. Результати повернулися до нього вже на траві. На турнірі в Гертогенбосі він вийшов у півфінал. На Вімблдонському турнірі Багдатіс був у кроці від виходу в другий у сезоні фінал турніру Великого шолома. Дійшовши до півфіналу, він обіграв на своєму шляху Себастьяна Грожана, Енді Маррея і Ллейтона Г'юїтта. Шлях далі йому перегородив Рафаель Надаль, вигравши у кіприота легко в трьох сетах 1-6, 5-7, 3-6. Після Вімблдону він вперше піднявся на 10-е місце у світовому рейтингу. У вересні 2006 року Маркос нарешті зміг завоювати свій перший титул на турнірі ATP. Сталося це на турнірі в Пекіні, де він у фіналі переграв Маріо Анчича 6-4, 6-0.
На старті сезону 2007 року Багдатіс двічі вийшов у чвертьфінал в Дохі та Сіднеї. На Відкритому чемпіонаті Австралії, де рік тому він вийшов у фінал, Маркос цього разу вибув вже у другому раунді, поступившись Гаелю Монфісу 6-7(5), 2-6, 6-2, 0-6. У лютому виграв турнір у Загребі, де у фіналі він переграв хорвата Івана Любичича 7-6(4), 4-6, 6-4. Потім вийшов у фінал в Марселі, де поступився французу Жилю Симону 4-6, 6-7(3). На початку травня дійшов до півфіналу на ґрунтовому турнірі в Мюнхені. На Відкритому чемпіонаті Франції вперше вийшов у четвертий раунд. У червні на турнірі в Галле виходить у фінал. На Вімблдонському турнірі дійшов до чвертьфіналу, обігравши на шляху Давида Налбандяна і № 4 в рейтингу Миколу Давиденка. У боротьбі за вихід у півфінал він у завзятій боротьбі поступився Новаку Джоковичу 6-7(4), 6-7(9), 7-6(3), 6-4, 5-7. Їх матч тривав рівно 5 годин. У вересні Багдатіс вийшов у чвертьфінал у Пекіні. У жовтні дійшов до півфіналу у Базелі. На турнірі «Мастерс» у Парижі він вийшов у півфінал і зміг обіграти двох тенісистів з першої десятки (Давиденка і Робредо).
2008—2010
Багдатіс на турнірі в Делрей-біч 2009 року
На Відкритому чемпіонаті Австралії 2008 року Багдатіс поступився у третьому раунді Ллейтону Г'юїтту 6-4, 5-7, 5-7, 7-6(4), 3-6. У лютому вийшов у півфінал на турнірі в Марселі. У липні на турнірі в Галле вийшов у чвертьфінал. На Вімблдонському турнірі дійшов до четвертого раунду. Через травми йому довелося пропустити наступну за Вімблдоном частину сезону, в тому числі і Відкритий чемпіонат США. Повернення Багдатіса на корт відбулося у вересні, але без особливого успіху. На трьох турнірах ATP, на яких він виступив, він вибував в першому ж раунді.
У 2009 році на Відкритому чемпіонаті Австралії вийшов у четвертий раунд, де поступився Новаку Джоковичу. У лютому вийшов у чвертьфінал на турнірі в Йоганнесбурзі і Делрей-Біч. Наступна частина сезону склалася для Багдатіса вкрай невдало. На жодному з турнірів він не зміг подолати перших раундів і влітку вилетів з першої сотні рейтингу ATP. З серпня, крім турнірів ATP, став виступати на «Челенджерах». В результаті він здобув на них три перемоги (у Ванкувері, Сен-Ремі-де-Прованс і Ташкенті) і повернувся у першу сотню. У жовтні Багдатіс виграв титул на турнірі ATP у Стокгольмі. У фіналі він виграв у Олів'є Рохуса 6-1, 7-5.
На початку сезону 2010 року виграв турнір у Сіднеї, обігравши у фіналі Рішара Гаске 6-4, 7-6(2). На Відкритому чемпіонаті Австралії програв у третьому раунді Г'юїтту. У лютому виходить у півфінал на турнірі в Дубаї. У травні до тієї ж стадії доходить в Мюнхені. Перед Відкритим чемпіонатом Франції вийшов до чвертьфіналу в Ніцці. На самому чемпіонаті Франції в третьому раунді поступився Енді Маррею. На Вімблдоні вибув вже у першому раунді. У серпні дійшов до фіналу на турнірі у Вашингтоні, де поступився Налбандяну 2-6, 6-7(4). На турнірі «Мастерс» у Цинциннаті Багдатісу у чвертьфіналі вдалося переграти першу ракетку світу Рафаеля Надаля 6-4, 4-6, 6-4. У півфіналі він поступився № 2 Роджеру Федереру 4-6, 3-6. На турнірі в Нью-Хейвені він дійшов до чвертьфіналу, а на Відкритому чемпіонаті США оступився в першому ж раунді, програвши Арно Клеману 3-6, 6-2, 6-1, 4-6, 5-7. У вересні Багдатіс дійшов до чвертьфіналу в Куала-Лумпурі. У жовтні в Москві виходить у свій 10-й в кар'єрі одиночний фінал на турнірах ATP. Його він програв Віктору Троїцьки 6-3, 4-6, 3-6. На турнірі у Відні він дійшов до чвертьфіналу. За підсумком сезону 2010 року він зайняв 20-е місце.
2011—2013
Багдатіс на Відкритому чемпіонаті Франції 2011 року
У січні 2011 року на турнірі в Брисбені вийшов до чвертьфіналу. На Відкритому чемпіонаті Австралії вибув у третьому раунді. У лютому вийшов до чвертьфіналу у Роттердамі. На Відкритому чемпіонаті Франції програв у другому раунді. На турнірі в Гертонгенбосі вийшов до півфіналу, а на Вімблдонському турнірі програв у матчі третього раунду Новаку Джоковичу. У серпні зіграв у чвертьфіналі на турнірах у Вашингтоні та Вінстон-Сейлемі. Восени 2011 року дійшов до фіналу на турнірі в Куала-Лумпурі, де програв Янко Типсаревичу 4-6, 5-7.
На початку сезону 2012 року Багдатіс вийшов до чвертьфіналу в Брисбені та півфіналу в Сіднеї. На Відкритому чемпіонаті Австралії у матчі другого раунду Маркос встановив своєрідний рекорд: програвши два сети швейцарцю Станісласу Вавринкі, Багдатіс під час зміни сторін зламав підряд 4 ракетки, з двох з них навіть не знявши пластикові пакети[2]. Третій сет залишився за кіприотом, але Вавринка виграв 4-й, а з ним і матч — 7-63 6-4 5-7 6-1. У лютому він вийшов до півфіналу в Загребі. Там само разом з Михайлом Южним він уперше виграв парний титул ATP. У травні Маркос потрапив до чвертьфіналу в Мюнхені. На Відкритому чемпіонаті Франції вийшов до другого раунду, а на Вімблдонскому турнірі — до третього. Наприкінці липня узяв участь у Літніх Олімпійських іграх 2012 року в Лондоні. Там він дійшов до третього раунду, де поступився майбутньому Олімпійському чемпіону Енді Маррею. На Відкритому чемпіонаті США програв на стадії другого раунду Олександру Долгополову 4-6, 6-3, 0-6, 6-7(5). На турнірі в Токіо і Стокгольмі в жовтні він вийшов до півфіналу.
Сезон 2013 року він почав у Брисбені, де дійшов до півфіналу. На Відкритому чемпіонаті Австралії вийшов до третього раунду. У лютому вийшов до чвертьфіналу у Роттердамі. Після цього виступи Багдатіса пішли на спад. Він примудрився програти 10 матчів поспіль на різних турнірах, включаючи Відкритий чемпіонат Франції та Вімблдонський турнір.
(W) переможець; (Ф) фіналіст; (ПФ) півфіналіст; (ЧФ) чвертьфіналіст; (#Р) раунди 4, 3, 2, 1; (КТ) стадія колового турніру; (К#) кваліфікаційний раунд; (P#) попередній раунд; (DNQ) не кваліфікувався; (A) відсутній; (Z#) зональна група Кубка Девіса/Федерацій (з зазначеним номером) або (PO) плей-оф; (G) золота, (S) срібна або (B) бронзова олімпійська/паралімпійська медаль; (НСМ) не турнір серії Мастерс; (NTI) не турнір Tier I; (P) перенесено; (NH) не відбувся; ТУ (SR) титули/участі (strike rate); (W–L, В-П) відношення виграшів до поразок.