Учився, однак не завершив навчання[6] в реальному училищі (гімназії[6]) в Рівному, також в училищі землеробства і садівництва в Умані (нині Черкаська область).
З 1897 року працював губернським ентомологом в Херсоні. З 1898 року створює і очолює (з 1906 року) природничо-історичний музей, в 1915–1916 роках завідував сільськогосподарською дослідною станцією, у 1918–1922 роках працював на посаді професора Херсонського політехнічного інституту, а з 1919— професором Херсонського державного педагогічного інституту. У цей час він написав підручник «Морфологія рослин» в двох частинах (1919-1920). Започаткував нову науку фітосоціологія, написав підручник «Основи фітосоціології» (1921). Вважається автором терміну фітосоціологія.
У 1922-1923 роках завідував відділом ботаніки в заповіднику «Асканія-Нова».
В Херсоні він створив свої найголовніші наукові праці: «Херсонська флора», «Опис рослинності Херсонської губернії», Причерноморские степи (ботанико-географический очерк) та інші.
В листопаді 1923 року став науковим керівником заповідника в Біловезькій пущі. Дослідження виклав у книзі «Ліси Біловежжя», опублікованій 1930 року. Є автором першого гербарію судинних рослин і співтворцем біловезького музею.
Від 1925 року професор систематики і соціології рослин Познанського університету, з 1928 року завідувач кафедри. Крім флори Польщі вивчає флору Болгарії і Боснії. З 1931 року з політичних причин втратив керівництво університетською кафедрою. У 1932р. його обрано член-кореспондентом Польської академії наук. У 1938 році обрано почесним професором Познаньського університету.
Помер від розриву серця, після отриманої вістки про звіряче побиття онука співробітниками Гестапо. Похований на Цвинтарі заслужених великополян у Познані. На могилі зроблено напис: «Творцю фітосоціології доктору honoris causa Познанського університету Юзефові Пачоському, досліднику флори обширних територій польських, руських, балканських». Він написав понад 300 наукових праць, описав більше двох десятків нових для науки таксонів рослин.
Вшанування пам'яті
З 1989р. в Херсонському університеті та Херсонському краєзнавчому музеї регулярно (кожні 5 років) проводяться Наукові ботанічні читання пам'яті Й.К.Пачоського. У Херсонському університеті працює природодослідницька наукова лабораторія імені Йосипа Пачоського. Заснована щорічна стипендія його імені, якою нагороджується найкращий студент-природодослідник.
Пачоский И. К., 1899. Заячий вопрос на юге России // Псовая и ружейная охота, №6, стр. 5-12, №7, стр. 8-16.
Пачоский И. К., 1899. Передвижные сроки в законе об охоте // Псовая и ружейная охота, №5, стр. 6-10.
Пачоский И. К., 1900. Об охране птиц в Херсонской губернии, Херсон, 14 стр.
Пачоский И. К., 1901. По поводу статьи г-на Калинина «Вредны ли хищные птицы?» // Псовая и ружейная охота, №1, стр. 161—164.
Пачоский И. К., 1901, К вопросу об охране дичи // Псовая и ружейная охота, №6, 7.
Пачоский И. К., 1902. Еще по поводу охраны дичи // Псовая и ружейная охота, №6.
Пачоский И. К., 1908. Причерноморские степи (ботанико-географический очерк) // Записки общества сельского хозяйства Южной России, №7-9.
Пачоский И. К., 1909. Материалы по вопросу о сельскохозяйственном значении птиц, Херсон.
Пачоский И. К., 1909. Мероприятия по охране птиц. Из материалов II Всероссийского съезда охотников // Природа и охота, №12, стр. 47-51.
Пачоский И. К., 1909. Сельскохозяйственное значение птиц // Природа и охота, №12, стр. 42-47.
Пачоский И. К., 1909. Сельскохозяйственное значение пернатого царства // Записки Императорского общества Сельского хозяйства Южной России, №3-4.
Пачоский И. К., 1910. Современные задачи изучения растительного покрова // Записки общества сельского хозяйства Южной России, №3.
Пачоский И. К., 1910. Херсонская флора. Херсон, 1914.
Пачоский И. К., 1915. Описание растительности Херсонской губернии, ч. I // Леса. Материалы по исследованию почв и грунтов Херсонской губернии, вып. 3, 336 стр.
Пачоский И. К., 1917. Описание растительности Херсонской губернии, ч. II // Степи. Материалы по исследованию почв и грунтов Херсонской губернии, вып. 13, 336 стр.
Пачоский И. К.,Морфология растений., 1919, 1920.
Пачоский И. К., Основы фитосоциологии., Херсон,1921.
Пачоский И. К., 1923. Целинная заповедная степь Аскания-Нова // Аскания-Нова, степной заповедник Украины, Москва.
Пачоский И. К., 1923. Список растений, обитающих на территории Государственного заповедника Аскания-Нова // Известия Государственного заповедника Аскания-Нова, вып. 2.
Пачоский И. К., 1926. Наблюдения над целинным покровом в Аскания-Нова в 1923 г. // Вісті Державного степового заповідника «Чаплі», т. 3.
Пачоский И. К., 1912. Описание растительности Херсонской губернии, ч. III // Плавни, пески, солончаки, сорне растения.. Материалы по исследованию почв и грунтов Херсонской губернии.
Пачоский И. К., 1928. Наблюдения над растительным покровом степей Аскания-Нова в 1922 г. // Известия Государственного степного заповедника Аскания-Нова, вып. 2.
Paczoski J., 1924. Park Narodowy w Bialowiezy // Przirodnik, №8-9, стр. 329—338.
Paczoski J., 1925. Wycieczka do Parku Narodowego w Bialowiezy, Warszawa, 8 стр.
Paczoski J., 1937. Jakie znaczenie ma dla nas i przyszlych pokolen Park Narodowy w Bialowiezy // Przyrodnik (?), №2, стр. 4-7.
Paczoski J. 1927. Ranunculaceae. W: Szafer W. (red.) Flora polska: Rośliny naczyniowe Polski i ziem ościennych, t. III. Kraków: Polska Akademja Umiejętności
Paczoski J. 1928. Roślinność Puszczy Białowieskiej [La végétation de la Foret de Białowieża]. Varsovie.
Paczoski J. 1928. Biologiczna struktura lasu. Sylwan 3: 193—221.
Paczoski J. 1929. Lasy Bośni [Die Wälder Bosniens]. Lwów: Polskie Towarzystwo Leśne.
Paczoski J. 1930. Lasy Białowieży. Monografje Naukowe 1. Warszawa: Państwowa Rada Ochrony Przyrody.
Paczoski J. 1933. Podstawowe zagadnienia geografji roślin. Biblioteka Botaniczna, t. III. Poznań: Wydawnictwo Polskiego Towarzystwa Botanicznego.
Paczoski J. 1935. Piętrowość lasu. Biblioteka Botaniczna, t. IV Poznań: Wydawnictwo Polskiego Towarzystwa Botanicznego.
Пачоский И.К.Херсонская флора. Т.ІІ. Двудольные.— Познань: УАМ, 2008.— 505 с.
Безлуцька О.П.Діяльність Й.К.Пачоського в контексті розвитку біологічної науки (остання чверть ХІХ— перша половина ХХ ст.): Монографія / Олена Безлуцька— Херсон: Айлант, 2014.— 195 с. іл.
Бойко М.Ф.Другі наукові читання пам'яті Й.К.Пачоського // Укр. бот. журн. 1995. Т. 52. №5. С. 748—751.
Бойко М.Ф.Й.К.Пачоський та сучасна ботаніка. Передмова.-Херсон: Айлант, 2004.- С.9-11.
Бойко М.Ф.Sic itur ad astra (до 150-річного ювілею Йосипа Конрадовича Пачоського— всесвітньовідомого херсонського вченого-природознавця)//VI ботанічні читання пам'яті Й.К.Пачоського.- Херсон: Айлант, 2014.- С.7-8.
Бойко М. Ф., Горлова Н.И.Гербарий И.К.Пачоского в Херсонском краеведческом музее // Бот. журн.— 1986.— Т. 71.— №1.— С. 85—86.
Борейко В. Йосип Конрадович Пачоський // Рідна природа.— 1986. №4.— С. 61—62.
ІІ-і наукові читання пам'яті Й.К.Пачоського, 19-20 грудня 1994р.— Херсон, 1994.— 79 с.
ІІІ-і наукові читання пам'яті Й.К.Пачоського. 24-26 вересня 1999р. Заповідна справа: стан, проблеми, перспективи/ Відп. ред. М.Ф.Бойко.— Херсон, 1999.
IV наукові читання пам'яті Й.К.Пачоського. 22-24 вересня 2004р. Тези доповідей / Відп. ред. М.Ф.Бойко.— Херсон, 2004.
V наукові читання пам'яті Й.К.Пачоського. Тези доповідей / відповідальний редактор М.Ф.Бойко.— Херсон, 2009.
VI наукові читання пам'яті Й.К.Пачоського. Збірка тез доповідей (відповідальний редактор М.Ф.Бойко).— Херсон: Айлант, 2004.— 96 с.
Борейко В. E. Словарь деятелей охраны природы. 2-е изд.— К., 2001.— 524 с.
Вайнер (Уинер) Д. Экология в Советской России. Архипелаг Свободы: Заповедники и охрана природы.— М., 1991.— 397 с.
Мельник В. И. И.К.Пачоский как ботаник и лесовед // Леса Евразии в XXIв.: восток-запад. Матер.II Междунар. конф. молодых ученых, посвящ. проф. И.К.Пачоскому.— М., 2002.— С. 8-9.
Мельник В.И.Иосиф Конрадович Пачоский (к 140-летию со дня рождения) / В.И.Мельник // Ботанический журнал.— 2004.— Т. 89. №4.— С. 672—679.
Пузанов И. И., Гольд Т.М.Выдающийся натуралист И.К.Пачоский. М., 1965. 87 с.
Работнов Т.А.История фитоценологии. М., 1995. 158 с.
Трасс X. X. Геоботаника. История и современные тенденции развития.— Л., 1976.— 252 с.
I-е научные чтения памяти ученого-натуралиста Иосифа Конрадовича Пачоского «Пачоский и современость», 25-29 ноября 1989 г.— Херсон, 1989.— 40см.
Curriculum vilae и списки работ почетных членов Общества сельского хозяйства Южной России А. Браунера, Г. Высоцкого и И. Пачоского // Зап. Общ-ва сельск. хоз. Южной России. 1917. Кн. 2.— С. 84-93.
Bukowiecki II., Felisiak S. Paczoski Jósef// Słownik biologów polskich.— Warszawa, 1987.— S. 407—409.
Dzieczkowski S. Paczoski Jósef Konrad (1864—1942) // Polski Słownik Biograficzny.— Wrocław— Warszawa— Kraków— Gdańsk: Zakład Narodowy Imienia Ossolińskich, Wydawnictwo Polskiej Akademii Nauk, 1979.— T. XXIV/…, zeszyt 10….— S. 786—789.
Hryniewieski B/. Josef Paczoski. Wspomnienie // Las Polski.— 1946.— T. 6.— S. 9—10.
Josef Paczoski. W setą rocznice urodzin Redaktor Z. Czubinski. Poznań, 1967. 108 S. (Universyted iw Adama Mickiewicza w Poznaniu. Prace wydzialu biologii I nauk o ziemi. Seria biologia. N 31).
Szafer W. Dr. Josef Paczoski // Chrońmy Pryrody ojczysta. 1945. N 1. S. 38.
Wodziczko A. Zasligi naukowe Profesora Paczoskicgo // Sylwan. 1931. T. 49. N 3. S. 1-21.
Wodziczko A. Jósef Paczoski. Spis ważniejszych prac naukowych prof. Paczoskiego // Acta. Soc. Bot. Pol. 1932. Vol. 19. S. 1-15.