На початку XIX століття український поміщик, князь Ілля Андрійович Безбородько, виконуючи волю померлого брата Олександра Андрійовича Безбородька, почав будувати Ніжинську гімназію вищих наук, місцем для останньої було обрано садибу Безбородьків на правому березі Остра в місті Ніжині.
Головний навчальний корпус будував (1805—1817 pp.) академік архітектури Луїджі Руска (італ.Luigi Rusca), і 1820 року відбулося урочисте відкриття гімназії, за статутом прирівняної до університету. У Росії на той час подібними закладами були: Царськосельський (Петербург) та Рішельєвський (Одеса) ліцеї.
1805, 25 липня.— Царський сенат прийняв постанову про заснування і будівництво в Ніжині Гімназії вищих наук князя Безбородька.
1806, 23 березня. Міністр народної освіти подав на розгляд Головного управління училищ план будівництва Гімназії.
1815 Граф О.Г.Кушелєв-Безбородько подарував Гімназії книгозбірню, близько 1900 томів, що лягла в основу майбутньої наукової бібліотеки.
1820— Ніжинська гімназія вищих наук, загальноосвітня, 6 років навчання. Надавала широку гуманітарну освіту дітям дворян та духовенства.
1832— у зв'язку зі «Справою про вільнодумство» були звільнені прогресивно налаштовані професори, а гімназія перетворена на Фізико-математичний ліцей, 3 роки навчання.
1835— вперше серед вузів Лівобережної України зародився аматорський театр.
1909— на території інституту встановлено погруддя Миколи Гоголя.
1918, вересень— Павло Скоропадський затвердив ухвалений Радою міністрів закон про проголошення історико-філологічного інституту князя Безбородька в Ніжині державною вищою школою України.
1939— Ніжинський державний педагогічний інститут імені М.В.Гоголя.[3]
1998, 4 вересня. Кабінет Міністрів України прийняв розпорядження (№1381) «Про створення Ніжинського державного педагогічного університету імені Миколи Гоголя».
15 жовтня 2004— Ніжинський державний університет імені Миколи Гоголя.
Це монументальна триповерхова споруда з фасадом в 12 струнких білих колон. Корпус поставлено «покоєм», тобто літерою «П» у плані, головним фасадом на схід. Два триповерхові крила з'єднуються двоповерховим центральним об'ємом з колонадою. Зверху колонади розміщується суцільний балкон. Фланкуючі торці виступають непомітно, а тому будівля сприймається як єдиний масив. Ризаліти увінчано трикутними фронтонами з тонким ліпленням рослинного орнаменту в тимпані. Високі вікна на десять шибок надають споруді холодного й казенного вигляду, який посилюється відсутністю будь-яких архітектурних прикрас на видовжених бічних фасадах. Як за своєю загальною композицією, так і за характером деталей це зразок класичної архітектури.
У 1870-х над колонадою був надбудований аттиковий поверх, який з'єднав обидва триповерхові крила.
В правому крилі старого корпусу три зали займає картинна галерея університету. Один із її залів присвячений творчості Сергія Шишка, який був частим гостем цього навчального закладу і протягом 1982—1984 подарував йому 36 власних творчих робіт. Це одне з найбільших державних зібрань живописних полотен цього художника. Унікальність даної колекції полягає в тому, що тут представлені картини різних етапів творчого зростання та розвитку митця. Є в колекції ранні роботи, присвячені Ніжинському вузу («Ніжинський педінститут», 1940, «Парк біля інституту влітку», 1939); картини 1950-1960-х («Дощ над Дніпром», «Весна», 1954, «Прояснюється», 1958), і полотна більш пізнього періоду («Над тихим Пслом», 1971, «У парку імені Ватутіна» 1975).[4]
Мокрицький Аполлон— портретний живописець (1811—1871), учень К. Брюллова і А. Венеціанова.
Де Бальмен Яків (вперше проілюстрував «Кобзар» Тараса Шевченка)— український художник-аматор, офіцер, автор кількох рукописних повістей, що за життя не були опубліковані, онук Антона де Бальмена.
Тарновський Василь (старший)— український етнограф, історик права, громадський діяч, родом із Качанівки на Чернігівщині.
Базилі Костянтин— видатний російський сходознавець грецького походження, дипломат, письменник та історик.
Редькін Петро— філософ права і педагог, геґельянець, видатний представник лібералізму.
Сементовський Микола Максимович— український письменник, історик і краєзнавець. Член Імператорського Російського та Археологічного товариств, автор популярних книг про Київ.
Карський Юхим Федорович— видатний білоруський мовознавець, філолог-славіст, палеограф, етнограф, академік Петербурзької (1916) та Російської (1917) Академії наук (згодом АН СРСР), дійсний член Академії наук СРСР (1925) та Чеської Академії наук (1929).
Кириченко Ілля Микитович— український мовознавець, кандидат філологічних наук з 1945, член-кореспондент АН УРСР з 1951.
Кошелівець Іван Максимович (справжнє прізвище Ярешко, 1907—1999, випуск 1930)— український літературознавець, літературний критик, публіцист, редактор, перекладач, мемуарист, громадський діяч.
Левковцева Олена Олександрівна (1900—1988)— перша дівчина-студентка Ніжинського інституту народної освіти[5], вчителька.
Москотін Леонід Павлович (1956—2015)— солдат Збройних сил України, учасник російсько-української війни.
Одарченко Петро Васильович— український літературо- та мовознавець, критик, педагог, дійсний член УВАН та НТШ.
Грот Микола Якович— російський філософ-ідеаліст, професор Московського університету, голова Московського психологічного товариства, перший редактор журналу «Питання філософії і психології».
Петр В'ячеслав Іванович— український і чеський філолог, музичний теоретик, композитор та музичний письменник. В 1908—1917 роках працював професором Історико-філологічного інституту.
Пінчук Степан Петрович— доцент кафедри української літератури (1973—1977), доктор філологічних наук
Повод Марко Іванович (1910—1985)— український педагог і науковець, кандидат філософських наук, доцент, викладач (1935—1963) Ніжинського державного педагогічного інституту ім. М.В.Гоголя, декан факультету мови і літератури, зав. кафедрою філософії, ректор (1954—1963).
28 грудня2012 між Ніжинським державним університетом імені Миколи Гоголя та ГО «Вікімедіа Україна» було підписано меморандум про співпрацю спрямований, зокрема, на поширення серед викладачів університету форми самостійної роботи студентів у Вікіпедії (замість написання рефератів).
В університеті активно функціонують студентська рада, розвивають таланти молоді різноманітні гуртки та клуби.
На історико-юридичному факультеті діє Історичний науково-дискусійний клуб (ІНДК).
Аніщенко В.О.Статут Гімназії вищих наук князя Безбородко / В.О.Аніщенко, О.В.Аніщенко, М.І.Супруненко // Наук. записки / Ніжин. держ. пед. ун-т. Психолого-педагогічні науки.— №2.— Ніжин, 2001. -С. 128—140.
Гімназія вищих наук кн. Безбородька (1820—1832) // Самойленко Г.В.Ніжинський державний педагогічний університет/Г.В.Самойленко, О.Г.Самойленко.— Ніжин, 1999.