RNA virüsleri

Genetik materyali RNA (ribonükleik asit) olan virüslere RNA virüsü denir.^[1] Nükleik asitleri genellikle tek iplikçikli RNA (tiRNA) yapısındadır ancak çift iplikçikli olanlar da mevcuttur (çiRNA).^[2] Önemli insan hastalıklarına neden olan RNA virüslerine örnekler: ebola virüsü, SARS, nezle, grip, hepatit C, batı nil virüsü, çocuk felci ve kızamık.

UAVTK sınıflandırmasındaki RNA virüs aileleri, Baltimor sınıflandırmasında Grup III, Grup IV ve Grup V'in altında yer almaktadırlar,^[3] genetik materyal olarak RNA barındıran ancak replikasyonda aracı olarak DNA kullanan virüsler (Retrovirüs) ise Grup VI'da yer alırlar.

Retrovirüsler haricindeki tüm RNA virüslere ribovirüs de denilmektedir.^[4]

Karakteristikleri

Tek iplikçikli RNA virüsleri ve RNA yönelimi

Tek iplikçikli RNA virüsleri genom yönelimlerine (polarite) göre de alt gruplara ayrılırlar, bunlar pozitif yönelimli, negatif yönelimli ya da çift yönelimli (ambises) olabilmektedirler. Pozitif yönelimli RNA, mRNA'ya benzer ve bu nedenle konak hücre ribozomları tarafından doğrudan okunabilir. Negatif yönelimli RNA ise mRNA'nın tamamlayıcısıdır, konak hücre ribozomlarının okuyabilmesi için RNA polimeraz enzimi tarafından pozitif iplikçiğe dönüştürülmesi gerekir. Pozitif yönelimli RNA'ya enfektif RNA'da denmektedir. Ambisens RNA virüsleri, pozitif iplikçikli genlere çevirmek dışında negatif yönelimli RNA virüslerine benzerler.^[5]

çift iplikçikli RNA virüsleri

Ana madde: Çift iplikçikli RNA virüsleri

Çift iplikçikli RNA virüsleri, virüslerin çok geniş konak aralığına sahip (insan, hayvan, bitki, mantar ve bakteri), genom segment sayısı birden on ikiye kadar değişebilen ve virion organizasyonu (T-sayısı, kapsid katmanları ya da taretleri) farklı bir grubunu temsil eder. Bu grubun içinde rotavirüsler de dahil olmak üzere önemli birçok patojen virüsler yer almaktadır.^[6][7]

tek iplikçikli ters transkripsiyonlu RNA virüsleri

Bu grupta Retrovirüsler yer alır. Bu virüslerin genomları diploit yapıdadır (tek iplikçikten iki adet barındırır). Relikasyonda RNA ters transkripsiyon (RNA'ya bağımlı DNA polimeraz) enzimi vasıtasıyla DNA'ya dönüştürülür. Bu DNA konak hücre genomuna entegre olabilmektedir (profaj).^{[kaynak belirtilmeli]}

Mutasyon oranları

RNA virüslerinin mutasyon oranları DNA virüslerine oranla çok daha fazladır, bunun nedeni DNA polimeraz enziminin hata düzeltme kabiliyetinin olmasıdır.^[8][9] Bu durum RNA virüslerine karşı etkili aşı geliştirme çabalarını zorlaştrmaktadır.^[10] Retrovirüsler yüksek mutasyon oranlarına sahip olmalarının yanı sıra, aracı DNA ile konak genomuna entegre olabilmektedirler (ve böylece konak DNA'sının hata düzeltme sisteminden faydalanırlar).^[11] Bazı RNA virüslerinde replikasyon döngüsünü etkileyecek mutasyonlar tolere edilemez. Örneğin, hepatit C virüsü genomunun kor proteinlerini kodlayan bölgeleri yüksek oranda korunur,^[12] çünkü bu kısım dahili ribozom giriş sahasını kapsayan RNA yapısını içerir.^[13]

Grup III—çiRNA virüsleri

On bir aile, belirlenmemiş cinsler ve türlerin tanımlandığı bir gruptur.^[8]

• Aile Amalgaviridae
• Aile Birnaviridae
• Aile Chrysoviridae
• Aile Cystoviridae
• Aile Endornaviridae
• Aile Hypoviridae
• Aile Megabirnaviridae
• Aile Partitiviridae
• Aile Picobirnaviridae
• Aile Reoviridae—Rotavirus dahil
• Aile Totiviridae
• Aile Quadriviridae
• Belirlenmemiş türler:
  • Botrytis porri RNA virus 1
  • Circulifer tenellus virus 1
  • Cucurbit yellows associated virus
  • Sclerotinia sclerotiorum debilitation-associated virus
  • Spissistilus festinus virus 1

Grup IV—pozitif yönelimli tiRNA virüsleri

Bu grup altında üç takım ve 33 aile tanımlanmıştır. Bunun yanında sınıflandırılmamış türler ve cinsler de bulunmaktadır.

• Takım Nidovirales
  • Aile Arteriviridae
  • Aile Koronavirüsler — Koronavirüs, MERS, SARS ve 2019-nCoV dahil
  • Aile Mesoniviridae
  • Aile Roniviridae
• Takım Picornavirales
  • Aile Dicistroviridae
  • Aile Iflaviridae
  • Aile Marnaviridae
  • Aile Picornaviridae—Poliovirus, Rhinovirus (nezle virüsü), Hepatitis A virüsü dahil
  • Aile Secoviridae, Comovirinae alt ailesi dahil
  • Cins Bacillariornavirus
  • Cins Dicipivirus
  • Cins Labyrnavirus
  • Cins Sequiviridae
  • Tür Kelp fly virus
• Takım Tymovirales
  • Aile Alphaflexiviridae
  • Aile Betaflexiviridae
  • Aile Gammaflexiviridae
  • Aile Tymoviridae
• Belirlenmemiş:
  • Aile Alphatetraviridae
  • Aile Alvernaviridae
  • Aile Astroviridae
  • Aile Barnaviridae
  • Aile Benyviridae
  • Aile Bromoviridae
  • Aile Caliciviridae — Norwalk virüsü dahil
  • Aile Carmotetraviridae
  • Aile Closteroviridae
  • Aile Flaviviridae — Sarıhumma virüsü, Batı Nil virüsü, Hepatit C virüsü, Deng humması virüsü, Zika virüsü dahil
  • Aile Fusariviridae
  • Aile Hepeviridae
  • Aile Leviviridae
  • Aile Luteoviridae — Arpa sarı bodur virüsü dahil
  • Aile Narnaviridae
  • Aile Nodaviridae
  • Aile Permutotetraviridae
  • Aile Potyviridae
  • Aile Togaviridae — Kızamıkçık virüsü, Ross Nehri virüsü, Sindbis virüsü, Chikungunya virüsü dahil
  • Aile Tombusviridae
  • Aile Virgaviridae^[14]
  • Belirlenmemiş cinsler:
    • Cins Blunervirus
    • Cins Cilevirus
    • Cins Higrevirus
    • Cins Idaeovirus
    • Cins Negevirus
    • Cins Ourmiavirus
    • Cins Polemovirus
    • Cins Sobemovirus
  • Belirlenmemiş türler:
    • Acyrthosiphon pisum virus
    • Blueberry necrotic ring blotch virus
    • Chara australis virus
    • Extra small virus
    • Jingmen tick virus
    • Le Blanc virus
    • Nylanderia fulva virus 1
    • Orsay virus
    • Plasmopara halstedii virus
    • Rosellinia necatrix fusarivirus 1
    • Santeuil virus
    • Solenopsis invicta virus 2
    • Solenopsis invicta virus 3
  • Uydu virüsler
    • Chronic bee paralysis associated satellite virus

Grup V—negatif yönelimli tiRNA virüsleri

Bu grup altında bir takım ve 8 ailetanımlanmıştır. Ayrıca belirlenmemiş cinsler ve türler de bulunmaktadır.

• Takım Mononegavirales
  • Aile Bornaviridae—Borna disease virus
  • Aile Filoviridae—includes Ebola virus, Marburg virus
  • Aile Paramyxoviridae—includes Measles virus, Mumps virus, Nipah virus, Hendra virus, RSV and NDV
  • Aile Rhabdoviridae—includes Rabies virus
  • Aile Nyamiviridae—includes Nyavirus
• Belirlenmemiş aileler:
  • Aile Arenaviridae—includes Lassa virus
  • Aile Bunyaviridae—includes Hantavirus, Crimean-Congo hemorrhagic fever
  • Aile Ophioviridae
  • Aile Orthomyxoviridae—includes Influenza viruses
• Belirlenmemiş cinsler:
  • Cins Deltavirus—includes Hepatitis D virus
  • Cins Dichorhavirus
  • Cins Emaravirus
  • Cins Nyavirus^[15]—includes Nyamanini and Midway viruses
  • Cins Tenuivirus
  • Cins Varicosavirus
• Belirlenmemiş türler:
  • Sclerotinia sclerotiorum negative-stranded RNA virus 1

Source:^[8]

Notlar

Mantar virüslerinin çoğunluğu çiRNA virüsleridir. +RNA virüslerinin az bir kısmı tanımlanmıştır.^[16] İnsanlarda hastalık yapan sarmal RNA virüsleri aynı zamanda zarflıdır.^{[kaynak belirtilmeli]}

Ayrıca bakınız

• Virüs sınıflandırması
• Positive/negative-sense
• Retrovirüs
• DNA virüsleri
• Viroid

Kaynakça

1. MeSH 16 Haziran 2010 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi., retrieved on 12 April 2008.
2. Patton JT (editor). (2008). Segmented Double-stranded RNA Viruses: Structure and Molecular Biology. Caister Academic Press. ISBN 978-1-904455-21-9. 25 Ekim 2016 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 11 Ağustos 2016.
3. "Listing in Taxonomic Order—Index to ICTV Species Lists". 6 Kasım 2009 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 11 Nisan 2008.
4. Drake JW, Holland JJ (Kasım 1999). "Mutation rates among RNA viruses". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 96 (24). ss. 13910-3. doi:10.1073/pnas.96.24.13910. PMC 24164 $2. PMID 10570172. 19 Eylül 2019 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 11 Ağustos 2016.
5. Nguyen M, Haenni AL (2003). "Expression strategies of ambisense viruses". Virus Res. 93 (2). ss. 141-50. doi:10.1016/S0168-1702(03)00094-7. PMID 12782362.
6. Roy P (2008). "Molecular Dissection of Bluetongue Virus". Animal Viruses: Molecular Biology. Caister Academic. ISBN 978-1-904455-22-6.
7. Roy P (2008). "Structure and Function of Bluetongue Virus and its Proteins". Segmented Double-stranded RNA Viruses: Structure and Molecular Biology. Caister Academic. ISBN 978-1-904455-21-9.
8. Klein, Donald W.; Prescott, Lansing M.; Harley, John (1993). Microbiology. Dubuque, Iowa: Wm. C. Brown. ISBN 0-697-01372-3.
9. Martinez MA, ve diğerleri. (2012). "Quasispecies Dynamics of RNA Viruses". Witzany, G. (Ed.). Viruses: Essential Agents of Life. Springer. ss. 21-42. ISBN 978-94-007-4898-9.
10. Steinhauer DA, Holland JJ (1987). "Rapid evolution of RNA viruses". Annu. Rev. Microbiol. Cilt 41. ss. 409-33. doi:10.1146/annurev.mi.41.100187.002205. PMID 3318675.
11. Boutwell CL, Rolland MM, Herbeck JT, Mullins JI, Allen TM (Ekim 2010). "Viral Evolution and Escape during Acute HIV-1 Infection". J. Infect. Dis. 202 (Suppl 2). ss. S309-14. doi:10.1086/655653. PMC 2945609 $2. PMID 20846038.
12. Bukh J, Purcell RH, Miller RH (Ağustos 1994). "Sequence analysis of the core gene of 14 hepatitis C virus genotypes". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 91 (17). ss. 8239-43. doi:10.1073/pnas.91.17.8239. PMC 44581 $2. PMID 8058787.
13. Tuplin A, Evans DJ, Simmonds P (Ekim 2004). "Detailed mapping of RNA secondary structures in core and NS5B-encoding region sequences of hepatitis C virus by RNase cleavage and novel bioinformatic prediction methods". J. Gen. Virol. 85 (Pt 10). ss. 3037-47. doi:10.1099/vir.0.80141-0. PMID 15448367.
14. Adams MJ, Antoniw JF, Kreuze J (2009). "Virgaviridae: a new family of rod-shaped plant viruses". Arch Virol. 154 (12). ss. 1967-72. doi:10.1007/s00705-009-0506-6. PMID 19862474.
15. Mihindukulasuriya, K. A.; Nguyen, N. L.; Wu, G.; Huang, H. V.; Travassos da Rosa, A. P.; Popov, V. L.; Tesh, R. B.; Wang, D. (2009). "Nyamanini and Midway viruses define a novel taxon of RNA viruses in the order Mononegavirales". J. Virol. 83 (10). ss. 5109-16. doi:10.1128/JVI.02667-08. PMC 2682064 $2. PMID 19279111.
16. Kondo, H.; Chiba, S.; Toyoda, K.; Suzuki, N. (2012). "Evidence for negative-strand RNA virus infection in fungi". Virology. 435 (2). ss. 201-9. doi:10.1016/j.virol.2012.10.002. PMID 23099204.

Dış bağlantılar

• Medical Subject Headings RNA Viruses
• Animal viruses28 Mart 2010 tarihinde Wayback Machine sitesinde arşivlendi.