Mısır'ın şu anki başkenti Kahire'dir. Ancak tarih boyunca Mısır'ın başkenti değişmiştir.
- Memfis: (MÖ.2950 – MÖ.2180) I – VIII.Hanedanlar
- Heracleopolis Magna: (MÖ.2180 – MÖ.2060) IX ve X.Hanedanlar
- Teb: (MÖ.2135 – MÖ.1985) XI.Hanedan
- Itjtawy: (MÖ.1985 – yaklaşık olarak MÖ.1700) XII.Hanedan ve Merneferre Ay dönemine kadar XIII.Hanedan
- Avaris: (MÖ.1715 – MÖ.1580) XIV.Hanedan ve XV.Hanedan(Hiksos)
- Teb: (yaklaşık olarak MÖ.1700 – yaklaşık olarak MÖ.1353) Muhtemelen Merneferre Ay'dan başlayarak XIII.Hanedan – Akenaton döneminden önce XVIII.Hanedan
- Amarna: (yaklaşık olarak MÖ.1353 – yaklaşık olarak 1332) Akenaton döneminde XVIII.Hanedan
- Teb: (yaklaşık olarak MÖ.1332 – MÖ.1279) Akenaton döneminden sonra XVIII.Hanedan ve I.Seti'ye kadar XIX.Hanedan
- Pi-Ramses: (MÖ.1279 – MÖ.1078) II.Ramses döneminden itibaren XIX.Hanedan ve XX.Hanedan
- Tanis: (MÖ.1078 – MÖ.945) XXI.Hanedan
- Bubastis/Tanis: (MÖ.945 – MÖ.715) XXII.Hanedan
- Leontopolis/Teb: (MÖ.818 – MÖ.715) XXIII.Hanedan
- Sais: (MÖ.725 – MÖ.715) XXIV.Hanedan
- Napata/Memfis: (MÖ.715 – MÖ.664) Kuşili XXV.hanedan hükümdarları Sudan, Napata'da bulunuyordu ancak Mısır'ı Memfis'ten yönetiyorlardı.
- Sais: (MÖ.664 – MÖ.525) XXVI Hanedan
XXVII.hanedan döneminde Mısır, Pers istilasına uğradı.
- Sais: (MÖ.404 – MÖ.399) XXVIII.Hanedan
- Mendes: (MÖ.399 – MÖ.380) XXIX.Hanedan
- Sebennytos: (MÖ.380 – MÖ.343) XXX.Hanedan
XXXI.hanedan döneminde Mısır, Pers istilasına uğradı.
Müslüman dönemi:
- Fustat: (MS.641 – 750) 4 Halife ve Emeviler Döneminde Mısır Vilayetinin idari başkenti.
- Al-Askar: (MS.750 – 868) Abbasiler Döneminde Mısır Vilayetinin idari başkenti.
- Kahire: MS.972'den beri mevcut başkent. İlk defa Fatimiler tarafından başkent olarak kullanılmasından sonra ardından gelen tüm devletler Kahire'yi başkentleri veya vilayetin idari merkezi yaptılar.