Üst-alt proteomik

Üst-alt proteomik, kütle ölçümü ve ardışık kütle spektrometresi (MS/MS) analizi için izole edilmiş bir protein iyonunu depolamak üzere bir iyon yakalayıcı kütle spektrometresi veya MS/MS ile birlikte iki boyutlu jel elektroforezi gibi diğer protein saflaştırma yöntemlerini kullanan bir protein tanımlama yöntemidir.^[1][2][3] Üst-alt proteomik, yekpare haldeki proteinlerin analizi yoluyla benzersiz proteoformları tanımlama ve niceleme yeteneğine sahiptir.^[4] Kütle spektrometresi sırasında yekpare haldeki proteinler tipik olarak elektrosprey iyonizasyon ile iyonize edilir ve bir Fourier dönüşümü iyon siklotron rezonansı (Penning tuzağı),^[5] kuadrupol iyon tuzağı (Paul kapanı) veya Orbitrap kütle spektrometresinde tutulur. Ardışık kütle spektrometresi için parçalanma, elektron yakalama ayrışması veya elektron transfer ayrışması ile gerçekleştirilir. Etkili bir parçalanma, kütle spektrometresi tabanlı proteomikten önce numunenin işleme safyası için kritiktir. Proteom analizi rutin olarak yekpare haldeki proteinlerin sindirilmesini ve ardından kütle spektrometresi (MS) kullanılarak elde edilen protein tanımlamasını içerir.^[6] Üst-alt MS (jelsiz) proteomik, protein yapısını, yekpare haldeki bir kütlenin ölçümü ve ardından gaz fazında doğrudan iyon ayrışması yoluyla sorgular.^[7]

Ayrıca bakınız

• Protein kütle spektrometresi
• Alt-üst proteomik
• Ardışık kütle spektrometrisi (MS/MS)

Kaynakça

1. Kelleher NL (2004). "Top-down proteomics". Anal. Chem. 76 (11): 197A-203A. doi:10.1021/ac0415657. PMID 15190879.
2. "Top-down mass spectrometry of a 29-kDa protein for characterization of any posttranslational modification to within one residue". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (4): 1774-9. 2002. doi:10.1073/pnas.251691898. PMC 122269 $2. PMID 11842225.
3. "Top-down proteomics: Enhancing 2D gel electrophoresis from tissue processing to high-sensitivity protein detection". Proteomics. 14: 872-889. 2014. doi:10.1002/pmic.201300424.
4. Durbin (2016). "Quantitation and Identification of Thousands of Human Proteoforms Below 30 kDa". Journal of Proteome Research. 15 (3): 976-982. doi:10.1021/acs.jproteome.5b00997. PMC 4794255 $2. PMID 26795204.
5. "Proteomics by FTICR mass spectrometry: top down and bottom up". Mass Spectrometry Reviews. 24 (2): 168-200. 2005. doi:10.1002/mas.20015. PMID 15389855. 17 Ekim 2020 tarihinde kaynağından arşivlendi. Erişim tarihi: 15 Ekim 2020.
6. Tran (8 Aralık 2011). "Mapping intact protein isoforms in discovery mode using top-down proteomics". Nature (İngilizce). 480 (7376): 254-258. doi:10.1038/nature10575. ISSN 0028-0836. PMC 3237778 $2. PMID 22037311.
7. Parks (2007). "Top-Down Proteomics on a Chromatographic Time Scale Using Linear Ion Trap Fourier Transform Hybrid Mass Spectrometers". Analytical Chemistry. 79 (21): 7984-7991. doi:10.1021/ac070553t. PMC 2361135 $2. PMID 17915963.

Kaynakça

• Borchers CH, Thapar R, Petrotchenko EV, ve diğerleri. (2006). "Combined top-down and bottom-up proteomics identifies a phosphorylation site in stem-loop-binding proteins that contributes to high-affinity RNA binding". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 103 (9): 3094-9. Bibcode:2006PNAS..103.3094B. doi:10.1073/pnas.0511289103. PMC 1413926 $2. PMID 16492733.
• Han X, Jin M, Breuker K, McLafferty FW (2006). "Extending top-down mass spectrometry to proteins with masses greater than 200 kilodaltons". Science. 314 (5796): 109-12. Bibcode:2006Sci...314..109H. doi:10.1126/science.1128868. PMID 17023655.
• Whitelegge J, Halgand F, Souda P, Zabrouskov V (2006). "Top-down mass spectrometry of integral membrane proteins". Expert Review of Proteomics. 3 (6): 585-96. doi:10.1586/14789450.3.6.585. PMID 17181473.