![cover image](https://wikiwandv2-19431.kxcdn.com/_next/image?url=https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/6/60/Myoglobin.png/640px-Myoglobin.png&w=640&q=50)
Protein ikincil yapısı
From Wikipedia, the free encyclopedia
Biyokimya ve yapısal biyolojide ikincil yapı, protein veya nükleik asit (DNA/RNA) gibi biyopolimerlerin yerel parçalarının genel, üç boyutlu biçimleridir. Buna karşın, atomlarının üç boyutlu uzaydaki konumları üçüncül yapı tanımlamasına girer.
![Thumb image](http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/6/60/Myoglobin.png/640px-Myoglobin.png)
İkincil yapının resmî tanımı, bir biyopolimerin hidrojen bağı yapıları ile tanımlanabilir; bunlar atomik çözünürlüklü bir yapı aracılığıyla ile belirlenir. Proteinler durumunda, ikincil yapı, protein omurgasındaki amit ve karboksil grupları arasındaki hidrojen bağlarının örüntüsü ile tanımlanır. Nükleik asitlerde, ikincil yapı azolu bazlar arasındaki hidrojen bağlarının örüntüsü ile tanımlanır. Bazen hidrojen bağı örüntülerinde önemli distosiyon olabilir, böyle durumlarda ikincil yapının otomatik öngörüsü zor olabilir.
Proteinlerde ikincil yapı Ramachandran grafiğininin belli bir bölgesindeki omurga dihedral açılar örüntüsüne bağlı olarak da tanımlanabilir. Yani, bu dihedral açılara sahip bir amino asit kalıntılarından oluşan bir protein parçası, sarmal (heliks) olarak adlandırılabilir, gerçekten doğru hidrojen bağlarına sahip olup olmadığına bakılmaksızın. Genelde, yapısı çözülmüş bir proteinin PDB dosyasında onun ikincil yapısı da belirtilir.
Bir biyopolimerin ikincil yapı içeriği (örneğin "bu protein %40 α-sarmal ve %20 β-yapraktır" demek gibi) çoğu zaman spektroskopik olarak kestirilebilir. Proteinler için yaygın bir yöntem, uzak mor-ötesi (170-250 nm) dairesel dikroizmdir. 208 ve 222 nm'de belirgin bir çifte minimum, α-sarmal yapıya işaret eder, buna karşın 204 nm veya 217 nm'de tek bir minimum, sırasıyla, rastgele sarım veya β-yaprak yapının işaretidir. Daha ender kullanılan bir yöntem, kizilötesi spektrodkopisidir, bununla hidrojen bağlanmasına duyarlı olan amit gruplarının osilasyonlarına bakılır. İkincil yapı içeriğini hassas şekilde kestirmek için kullanılan bir diğer yöntem de, Nükleer manyetik rezonans spektrumundaki bazı kimyasal kaymalara bakmaktır.
ikincil yapı terimi 1952'de Stanford Universitesi'nde bulunan Kaj Ulrik Linderstrøm-Lang tarafından türetilmiştir.