โรงพยาบาลสมเด็จพระปิ่นเกล้า กรมแพทย์ทหารเรือ เป็นโรงพยาบาลตติยภูมิขนาด 750 เตียงในเขตธนบุรี กรุงเทพมหานคร ซึ่งขึ้นตรงกับกรมแพทย์ทหารเรือ ในฐานะที่เป็นโรงพยาบาลหลักของกองทัพเรือในพื้นที่ กรุงเทพมหานคร มีภารกิจที่ได้รับหมอบมาย คือ ให้การรักษาพยาบาล ส่งเสริมสุขภาพ ป้องกันโรคและฟื้นฟูสมรรถภาพแก่ ข้าราชการกลาโหมและครอบครัว ตลอดจนประชาชนทั่วไป รวมทั้งเป็นสถาบันฝึกอบรมบุคลากรทางการแพทย์ ทำการวิจัย และให้การสนับสนุนภารกิจกองทัพเรือ ปัจจุบันดำเนินการเรียนการสอนให้กับ คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยบูรพา ในชั้นคลินิก และให้กับ คณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาล และ คณะแพทยศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ในบางสาขาวิชา