ฮนชู เป็นเกาะที่ใหญ่ที่สุดของประเทศญี่ปุ่น คิดเป็นพื้นที่กว่าร้อยละ 60 ของประเทศญี่ปุ่น มีพื้นที่ 227,962.59 ตารางกิโลเมตร ใหญ่กว่าเกาะอังกฤษเล็กน้อย มีความยาวประมาณ 1,300 กิโลเมตร ความกว้างตั้งแต่ 50-250 กิโลเมตร มีชายฝั่งติดทะเลยาวกว่า 5,450 กิโลเมตรรอบเกาะ ทางตอนเหนืออยู่ใกล้กับเกาะฮกไกโด มีช่องแคบมะสึมะรุเป็นเขตกั้น ส่วนทางตะวันตกเฉียงใต้ใกล้กับเกาะชิโกกุและเกาะคีวชู