จายาปูรา เป็นเมืองหลักและเมืองใหญ่สุดของจังหวัดปาปัว บนเกาะนิวกินี ประเทศอินโดนีเซีย ตั้งอยู่บริเวณชายฝั่งทางเหนือของเกาะนิวกินีและกินพื้นที่ 940.0 ตารางกิโลเมตร ขอบเขตทางเหนือติดกับมหาสมุทรแปซิฟิกและอ่าวยซ ซูดาร์โซ ทางตะวันออกติดกับประเทศปาปัวนิวกินี ทางใต้ติดกับอำเภอเกอเออรม และทางตะวันตกติดกับอำเภอจายาปูรา