Naffentorp ligger strax söder om Yttre ringvägen, och är ett delområde i distriktet Bunkeflo, som ingår i stadsdelen Limhamn-Bunkeflo i Malmö stad. Naffentorp har liksom Vintrie och Bunkeflo by strandmarker nere vid Öresund, de ingår numera i området Bunkeflostrand.