Haeffners far var skolläraren Johann Heinrich Häffner (död 1780) och hans mor var Anna Reckenagel.
Haeffner visade tidigt musikalisk talang. Bland hans största nöjen som barn var att följa med på fågeljakt i de vidsträckta skogarna (Oberschönau ligger i nuvarande Landkreis Schmalkalden-Meiningen i västra delen av Thüringer Wald), då pojken brukade stanna kvar hos kolarna i deras hyddor och lyssna till de sagor och sånger, "snapperlieder", som de ofta sjöng. Detta har senare betydelse för Haeffners stora engagemang för folkvisor (se nedan).
När familjen senare flyttade till Schmalkalden gick han i lära hos organisten och kompositören Johann Gottfried Vierling (1750–1813). Han blev duktig i orgelspelning och redan vid 9 års ålder spelade han på gudstjänsterna i kyrkan. På 1770-talets senare hälft var han dirigent för några olika teatersällskap i Frankfurt am Main, Hamburg och Berlin.
År 1792 avled hovkapellmästaren Joseph Martin Kraus, och året efter utsågs Haeffner till ställföreträdande hovkapellmästare. Den 1 november uruppförde han sin opera Alcides' inträde i världen. 1799 utnämndes han slutligen formellt till förste hovkapellmästare, en tjänst som han i praktiken utövat fullt ut sedan 1794. Samma år dirigerade han uruppförandet av Joseph Martin Kraus 5-timmarsopera "Dido och Aeneas" i av Haeffner bearbetad och förkortad form. År 1801 dirigerade han uruppförandet av sin egen opera Renaud och samma år även sverigepremiären av HaydnsSkapelsen. Haeffner ledde även första svenska föreställningarna av MozartsRequiem och HändelsMessias, båda gavs 1805.
Operan stängdes år 1806 av kung Gustav IV Adolf och hovkapellmästare Haeffner erhöll en pension på 400 riksdaler. År 1807 skilde han sig från Elisabeth Forsselius och 1808 fick Haeffner tjänsten som director musices vid Uppsala universitet. Samma år fick Haeffner tjänsten som domkyrkoorganist i Uppsala domkyrka, en tjänst han upprätthöll till sin död 1833.
Vid Uppsala universitet var han aktiv i tidens nationalromantiska strömningar, bland annat med medlemmarna i Götiska Förbundet, Erik Gustaf Geijer och P.D.A. Atterbom, och skrev, tonsatte och arrangerade ett stort antal stycken för manskvartett, dåtidens benämning på musik för fyrstämmig manskör. Haeffner var mycket omtyckt av studenterna, som kärleksfullt kallade honom "gubben Haeffner". Han grundade här det som blev den ännu levande studentsångartraditionen (fyrstämmig manskör), något som snabbt spred sig till övriga universitet i Norden, och senare till de flesta manskörer utanför universiteten. Man brukar sätta startpunkten till uruppförandet av sången Under Svea banér (text: Samuel Ödmann, musik: Haeffner) den 24 oktober 1808 för att hylla krigshjälten Vilhelm Mauritz Klingspor vid Uppsala slott.
"Långt ifrån att visa något förnämt förakt för de små tillgångarna eller låta sig nedslå af några hinder, började han organisera orkester och kör på det sätt, att han gick ur hus och i hus och uppsökte alla som hade någon skymt af talang eller anlag därtill, bjöd dem hem till sig, lofvade dem kostnadsfri undervisning och uppmuntrade dem med loford, som, ehuru oftast öfverdrifna, hade den verkan, att arbetena gingo med en förvånande fart. Han lyckades äfven besjäla sina sångare med sin egen hänförelse för musiken, och alltsedan Haeffners tid har den fyrstämmiga manskören utan allt ackompanjemang fortlefvat i Uppsala med friskt lif och hvar den låtit höra sig väckt anklang med sin kraftiga, fosterländska ton."
Främre pärm till Praktpsalmbok 1819 med Haeffners koraler (utgåva 1899 Fröléen & Comp).
År 1800 skrev Haeffner ett förslag till ny koralbok som 1808 utgavs i reviderad upplaga, fastställd av ärkebiskopen för allmän användning i Uppsala stift. I mitten av 1810-talet skapades en ny psalmbok, huvudsakligen av Johan Olof Wallin, och 1818 fick Haeffner uppdraget att skapa koralboken (musiken) till denna. Året därpå stadfästs den nya psalmboken och 1820–21 utges Haeffners koralbok. Koralboken införde nya sångideal i svenska kyrkan, som orsakade en viss konflikt med de folkliga koralerna. Haeffner utgav dessutom 1821 ett häfte med preludier och några marscher. Denna psalmbok är svenska kyrkans officiella psalmbok till den ersätts 119 år senare, 1937. Haeffner tillträdde tjänsten som domkyrkoorganist i Uppsala år 1820.
Genom sin bekantskap med Erik Gustaf Geijer fick Haeffner uppdraget att redigera musiken till Geijer-Afzelius välkända Svenska folkvisor utgiven i tre volymer under åren 1814–1818. I den komplicerade uppgiften att fastställa enkla uppteckningar av folkvisor insamlade bland allmogen i hela Sverige var hans strävan största enkelhet och att undvika "onödiga utsmyckningar". Under arbetet trodde han sig ha funnit att folkmelodierna byggde på en speciellt nordisk skala, tankar som han publicerade i tidskriften Svea år 1818. Haeffner arrangerade också ett antal av dessa folkvisor för manskör/manskvartett, Svenska folk-visor satte för fyra mans-röster (1832).
Stort Preludium till Psalmen Hela werlden fröjdes Herran för Nybegynnare, 1818. Tryckt i Preludier 1822.
Preludier till Melodierna [nr 1-138] uti Svenska Choralboken samt ett tillägg med Marscher (vid Prestvigning, Högtidliga processioner, Begrafningar, Stort preludium samt Utgångsstycke), 1822. Det sista finns utgivet av Anders Ruuth på Noteria 1973.
Koralböcker och mässmusik
3 provpsalmer.
Svenska mässan 1799. Körarrangemang av församlingens partier.
Davids Psalm 20 "Bönhöre Tig then Evige!" (text av Johan Adam Tingstadius översättning av Psaltaren från 1791). För kör (SATB, tre sopraner och altar samt två tenorer och basar) och instrument (instrumenten är dubbelbesatta).
Davids Psalm 21 "Öfver Tin magt, o Evige, frögder sig Konungen" (text av Johan Adam Tingstadius översättning av Psaltaren från 1791). För fyra röster.
Psalm 51 "Utaf godhet och nåd, eviga källa". Bearbetning av Benedetto Marcello psaltaretonsättning för kör, blåsare och stråkorkester, 20 oktober 1807.
Oratoriet "Försonaren på Golgata" (Ödmann). För solister, kör och stråkar. Uppfördes 19 mars 1809 på Gustavianska auditoriet i Uppsala. Reviderades 1829 för större besättning. Är det första svenska oratoriet med instrument.
"Skåda, frälsta verld!, den nåd som beredde ljusets dagar!
"Djupt till stoftet sänke sig min blick!"
"Himlarne sjunga, o Fader, din ära, vishet och nåd"
"Skymd för den verld Han går att försona"
"Han går att uppoffra sitt lif för bröder, brottsliga"
"Ej solen mera sprider det ljus af Gud hon fick"
"Skyarna hotande välfva", "Frälsta verld! vid dessa under öpnar nåden dig sin famn"
"Och denna välgörande hand - vid korset fästad!"
"Din ondska, fallna slägte!, sin udd mot Jesum hvässt"
"Lär mig rätt din kärlek vörda", "Det är fullkomnadt!"
"Nådens dom till frid besluten jordens folk förkunnas här"
"Himmel och jord sina sånger förena" samt slutfuga (två olika versioner)
"Amen! Halleluja! (fuga, finns i två versioner)
Vid sidan av sin musikaliska gärning var Haeffner även en kunnig silhuettklippare. Många av hans silhuetter finns i Kungliga Musikaliska Akademiens arkiv. Han har klippt en silhuett av C.M. Bellman som lär vara den äldsta avbildningen av Bellman.
Haeffner var även en flitig och kunnig insektssamlare. Hans stora samling inköptes efter hans död av kungen som senare donerade samlingen till Uppsala universitet där den ännu finns att beskåda.
Haeffner var son till skolläraren Johann Heinrich Haeffner och Anna Reckenagel. Han gifte sig 7 oktober 1787 med operasångerskanGertrud Elisabeth Forsselius (23 januari 1771 - 1850) och fick med henne sju barn:
Bohlin, Folke(1969).Hæffner och mässmusiken. Uppsala. Libris2279551
Bohlin, Folke(2002).”Johann Christian Friedrich Hæffners "Schwedische Lieder" (1818)”.Lied und Liedidee im Ostseeraum zwischen 1750 und 1900(Frankfurt am Main : Lang, 2002): sid.[195]-210.Libris8841163
Dillmar, Anders(2001)."Dödshugget mot vår nationella tonkonst": Hæffnertidens koralreform i historisk, etnohymnologisk och musikteologisk belysning. Lund: Univ. Libris8364282. ISBN 91-628-4616-7
Dillmar, Anders(1993).Hæffner och folkvisan: teori och hantverk : om musikbilagorna till Geijer-Afzelius' Svenska folk-visor från forntiden, 1814-18. Musikvetenskapliga serien, Uppsala, 1102-6960; 11. Uppsala: Uppsala univ., Institutionen för musikvetenskap. Libris1755383
McCredie, Andrew D(1995).”Electra on the musical stage of Gustav III in Sweden”.Studien zur Musikgeschichte / herausgegeben von Annegrit Laubenthal unter Mitarbeit von Kara Kusan-Windweh(Kassel : Bärenreiter, cop. 1995): sid.[405]-416.Libris2076600
”Mellan konsert och salong”.Musiken i Sverige. 2 / redigerad av Leif Jonsson och Anna Ivarsdotter-Johnson(Stockholm : Fischer, 1993): sid.399-451 : musiknoter, ill. 1993.Libris2362215
Ternhag, Gunnar(1994).”Den nordiska skalan”.Texter om svensk folkmusik(Stockholm : Kungl. Musikaliska akad., 1994): sid.29-36.Libris3112494
.jpg)
